目前已发展了许多用于植物基因转化的方法，这些方法可分为三大类：一类是载体介导的转化方法，即将目的基因插入到农杆菌的质粒或病毒的DNA等载体分子上，随着载体DNA的转移而将目的基因导入到植物基因组中，农杆菌介导和病毒介导法就属于这种方法；
第二类为基因直接导入法，是指通过物理或化学的方法直接将外源目的基因导入植物的基因组中，物理方法包括基因枪转化法、电激转化法、超声波法、显微注射法和激光微束法等；化学方法有PEG介导转化方法和脂质体法等；
第三类为种质系统法，这包括花粉管通道法、生殖细胞侵染法、胚囊和子房注射法等。