动物分类学是一门古老的学科，是动物学中一个重要的分支。单由于动物种类繁多，由于某一些类群还缺乏深入的研究和了解，因此，直到现在对全世界动物的分类都还没有一个比较完善的分类系统。造成差异的原因，在于有的学者将若干有差异的纲都已提升为门，如原假体腔动物中的轮虫、腹毛、动吻、线形、线虫等纲动物，一些学者均将其提升为门.
另外有一些新的类群被发现，放在原有的各门中均觉不合适，索性新建立为单独的一门，如栉水母动物门，即由于发现了栉水母动物等。对于药用动物的研究来说，早期如《药材学》1960，将其划分为10门，后来《中药鉴定学》1977年等也都采用，仍将动物界划分为10门。
根据的特征仍然是：细胞的分化，胚层的形成，体腔的有无，对称的形式，体节的划分，骨骼的性质，附肢的特点，以及其他器官系统的发生和发展，并参照了地质学上关于地层的划分等资料。
另外，动物分类还有其它方法。 原生动物门：全都是单细胞动物，是最原始的动物，如眼虫、草履虫等； 菱形虫门：结构简单的内寄生动物，有记录的种类不多； 直泳虫门：与菱形虫类似的动物； 多孔动物门：又称海绵动物门，海绵是原始的多细胞动物； 扁盘动物门：到目前为止，此门被丝盘虫一种动物独占； 古杯动物门：顾名思义，“古”意思是此类动物已灭绝了，“杯”就是说它们长得像杯子； 腔肠动物门：包括水螅、水母、海葵和珊瑚等； 栉水母动物门：也有人把这个门归入腔肠动物门，作为栉水母纲； 扁形动物门：有涡虫、吸虫、绦虫等寄生虫； 螠虫动物门：海洋底栖动物，身体呈柱形或长囊形； 舌形动物门：全都是“吸血不眨眼”的寄生虫，分类地位尚难确定； 微颚动物门：在1994年新发现的一类动物，人类对它们所知甚少； 纽形动物门：比扁形动物略高等的类似动物； 颚胃动物门：体形很小，生活在浅海的细沙中，人们了解得不多； 线虫动物门：一个庞大的家族，包含蛔虫等； 腹毛动物门：身体腹面长有纤毛的一类动物； 轮虫动物门：很小，与原生动物类似； 线形动物门：与线虫动物类似的一类动物； 鳃曳动物门：生活在靠近两极的冷水中的海洋底栖动物，有记载的种类极少； 动吻动物门：和鳃曳动物类似； 棘头虫动物门：身体前端有吻的一类动物； 铠甲动物门：1983年才发现的一个新门，没有准确分类； 内肛动物门：苔藓状的小动物； 环节动物门：包括蚯蚓、蚂蟥、沙蚕等； 环口动物门：新发现的一类动物； 星虫动物门：与螠虫动物相似； 软体动物门：包含有大量常见动物，如田螺、蜗牛、牡蛎、章鱼等； 软舌螺动物门：已灭绝； 叶足动物门：包括寒武纪的奇虾等； 缓步动物门：很强的一类动物，能忍受高温、绝对零度、高辐射真空和高压； 有爪动物门：身体呈蠕虫状，足呈圆柱形，末端有爪，近乎灭绝； 节肢动物门：动物界中种类占三分之二以上的动物，昆虫、蜘蛛、螃蟹等都属于该门； 腕足动物门：有时你会在街头地摊上看见一些像贝壳的化石就是这类动物留下的； 外肛动物门：曾经与内肛动物为同一门合称苔藓动物，现已分开； 帚虫动物门：一个只有10几种动物的很小的门，都是海洋底栖动物； 古虫动物门：在5.3亿年前的生命大爆发中早就灭绝了，在近几年才发现； 棘皮动物门：包括海星、海胆、海参和海百合等； 须腕动物门：没有嘴和消化管的非寄生动物，生活在深海中，分类地位有争议； 异涡动物门：仅2种，在波罗的海附近分布，曾先后被认为扁形动物和软体动物； 毛颚动物门：只有50种左右，还是海洋动物； 半索动物门：身体呈蠕虫形，有人将它们归入脊索动物门； 脊索动物门：，包括尾索动物，头索动物，脊椎动物三个亚门，人就是该门。
