在果树育种中，往往因为一些错误决策或失误，导致育种进程缓慢，甚至半途而废。我们应当从以下诸方面，避免失误发生，提高育种效率。
1.急功近利
由于果树童期长、树体大、占地多，且高度杂合，育种周期长，因此而不被人们重视，得不到资助。另一种现象就是急于要求推出新品种，从而忽视一些需时长的重要育种目标的实现。最后还应当看到，尽管新品种是育种的最高目标，但对于一些与育种有关的工作也十分重要。如种质资源的保存、评价及研究利用、重要育种理论成果的发表、品种推广前的客观评价试验等。
2.过分强调次要育种目标
这里所说的次要目标是指那些需要，但又不是一个品种绝对需要的性状。如在新疆吐鲁番地区，开展选育优质制干品种，如果我们把选育优质作为主要目标，而抗寒作为次要目标，其间的关系处理好，就可能较容易地选出适合的优良新品种。相反如果过分强调抗寒性状，那么很难推出新品种。事实上，在目前栽培条件下，抗寒问题在栽培中是能够加以解决的，但优质在现有条件下是无法改善的。所以在育种过程中，应注意一些次要目标，但切忌过分强调次要目标，从而无法实现主要目标。
3.没有科学的记载测量
一些育种者，把育种简单的看成获得新品种，忽视了必要的理论测定工作。所以他们的育种结果，即使成功，仅仅只能推出新品种而已，却没有任何经验或理论供人们学习和借鉴。在这方面，美国核果类育种学家韩斯契（Hansche，1972）是值得大家仿效的。他在樱桃、桃的育种中，经过大量的测定，搞清楚了有关数量遗传规律，发表了许多具有重要价值的系列论文，同时也获得了很多新品种。要做到这一点，我们必须要有严格的科学研究计划及坚实的遗传学和其它学科的基础知识。
4.低水平的起步和不必要的重复
在育种工作中，一些育种家，特别是年青的育种工作者，往往愿意另起炉灶，从零开始。比如不用已含有某一野生种质的亲本，而从原始野生种的基因导入开始，这样无疑自费许多时间和引致不必要的浪费。我们应当尽量利用现有品种的优良特性，防止从原始水平做起。另外，避免利用某一亲本来回杂交，除非我们在一些杂交计划中非用不可，如自交和顶交等，一般不重复地作为亲本。如在苹果育种中，一些人反复用国光和元帅之间进行杂交，岂不知这样的杂交在世界范围内已作过不知多少次，能得到超过富士苹果品种的机会不多，因此不如以富士苹果作为进一步的育种亲本更为简捷有效。
5.选择不严
在育种过程中，选择贯彻于始终。阿拉德（Allard，1960）在他著的《植物育种原理》一书中明确指出：“植物育种家必须养成一种习惯，那就是选择要毫不留情。要在选择过程中，驱散头脑中那种认为丢弃的某一植株，就是一个很好品种思想的萦怀”。事实上，我们应当在选择中持有这样的观点，即现行栽培的品种，经历了无数次的考验和选择，因此，绝不可能轻而易举地替换其地位。这样看来，不严格选择就意味着推出的品种没有竞争力。
6.育种工作单一
由于果树育种的周期较长，所以单一的育种项目往往是不现实的。从实际情况看，育种学家在进行育种工作中，应当包括很多育种项目，而这些项目是交替同时开展，分不同阶段推出相应的成果或品种。另一种情况，在搞育种的同时，兼开展其它方面的工作研究（如育种技术、栽培等）。
7.仓促推广品种
每一个品种都有其特殊的习性和特点，它们都需要特殊的栽培措施与之相适应。一些学者，不注意新品种栽培技术方面的试验研究，在实际中栽培者往往采用传统品种的栽培措施，结果效益不能正常发挥，新品种反遭抵毁。如红富士苹果开始在我国引种推广中，由于果农长期受栽培国光及秦冠品种习性的影响，对富士苹果栽培技术不掌握，致使其产量极低，在一些栽培地区还曾出现对红富士苹果高接换头的现象。目前，由于对红富士苹果栽培技术的研究取得了进展，并作了大力推广，从而使红富士苹果栽培出现了前所未有的高涨。因此，新品种选育中，不但要注意选优，而且要注意配套栽培技术的研究。
8.育种悲观论
果树育种有其自身不利的特点，育种周期长，占地面积大，费时耗资，一些人认为当今果树育种已经达到了顶峰，成功获取新的品种的可能性极小。这些都直接影响和限制果树育种事业向前发展。事实上，果树育种除了果树自身缺点外，它也有自己的优势，如可以无性繁殖，容易固定杂合性状，并将其稳定地传递下去。同时我们也应当看到，没有一个育种家能作到育成一个再不需要任何改良的优良品种，这就是说果树育种还有很大潜力，如前所说，不同果树需要解决的问题复杂多样，这些都有待于果树育种学家去探索解决。让我们相信，未来的成功是属于那些抓住机会并对育种充满信心的人们。