浮游植物是测量水质的指示生物，一片水域水质如何，与浮游植物的丰富程度和群落组成有着密不可分的关系，浮游植物的减少或过度繁殖，将预示那片水域正趋向恶化。例如湖泊（水库）浮游植物数量的增加，特别是蓝藻疯长和生长季节的延长就是是湖泊（水库）富营养化的一个重要标志。
水质污染的直接后果之一，便是浮游植物种类组成的变化。在未受污染的水体中，藻类种类的组成因季节和环境因素的变化而发生变化，但是这种变化在一个特定的水体中，在一般情况是有规律的，而在被污染的水体中则是随污染物和污染程度的不同种群组成的变化却是无规律的。特别是那些对环境变化较敏感，喜低温，有机质含量低，水体透明度大的金藻，在污染水体中变化最明显。
此外，浮游植物也决定了水体呈现的颜色。据藻类的生物化学分析，各大门类几乎各具特殊的色素，最普遍的有四大类，即叶绿素、胡萝卜素、叶黄素和藻胆素。各门藻类因所含色素不同，藻体呈现的颜色迥异，如绿藻门为鲜绿色，金藻门呈金黄色，蓝藻门多为蓝绿色等，这也是富营养化的水体呈现五彩缤纷的原因所在。 浮游植物不仅是水域生态系统中最重要的初级生产者，而且是水中溶解氧的主要供应者，它启动了水域生态系统中的食物网，在水域生态系统的能量流动、物质循环和信息传递中起着至关重要的作用。
浮游植物的种类组成、群落结构和丰度变化，直接影响水体水质、系统内能量流、物质流和生物资源变动。 浮游植物素有“海洋牧草”之称，是鱼类和其他经济动物的直接或间接的饵料，在决定水域生产性能上具有重要意义，与渔业生产有十分密切关系，世界著名渔场都处于藻类丰富的海域。
而当藻类过度繁殖出现“水华”时，水质难以长期保持，天气变化可能导致藻类因水生生物（包括自身耗氧）、有机质大量耗氧而缺氧发生大量死亡，水质便会迅速恶化变黑，甚至发臭，影响鱼类摄食，有时引起鱼浮头甚至翻塘死鱼造成经济损失。
鱼池中常见的水华，按优势种可分为14个基本类型：
1、隐藻水华2、滕口藻水华3、颤藻或席藻水华4、颤藻或席藻水华5、鱼腥藻或拟鱼腥藻水华6、微囊藻水华7、尖头藻水华8、微型兰球藻水华9、团藻目水华10、绿球藻目水华11、裸藻水华12、囊裸藻水华13、矽藻水华14、金藻水华。
池塘中以控制浮游植物量来控制“水华”的出现。可采取投喂优质饲料及其合理的投喂量、合理施肥，科学使用增氧机和及时加注新水或用投放化学物质、生物制剂等方法，使水中的浮游植物量达到适于鱼类生长的最佳水平。
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