题主问的是复旦交大的医学学科哪个比较好，范围比较广了，就讲讲目前“最佳答案”中有待商榷的地方吧。
交大医学院并没有比较好，顶多算水平靠近。
两个医学院在被合并之前的确是上医更强，后来二医的确发展迅猛。但是主要体现在临床文章数量上，教学方面提升不多。另外由于交大在和二医合并之前从上海市要了四所医院（第一人民医院、第六人民医院等）自行发展医学，后来再与二医合并，因此附属三甲综合医院数量从合并之日就比复旦上医多（第一人民医院本来是上医附属的，但是交大要自己发展医学的时候就支援给交大了）。也是因此，2012年学科评估结果，临床医学排名上交第一，复旦和北大并列第二；口腔医学上交全国第二，复旦没有开设口腔医学，未参评；基础医学复旦全国第二，上交和协和并列第三；公共卫生与预防医学复旦和南京医科大学并列全国第三，上交和三所医学院并列第十；药学复旦与二军大并列全国第五，上交和五所医学院并列第十（以上结果参考 http://www.pgzx.edu.cn/index.jsp）至于上医在复旦被拆确有其事，但不至于拆分就能让实力大打折扣，主要的原因是上医缺钱和上医缺官。由于二医目前任然是上海市附属机构，即除了名义上二医是上交的院系，其实二医是独立的，体现在他们能从上海市获得拨款，各类评奖单列，人事任免权归上海市所有。而上医的所有经费都是和复旦一起从教育部出，资金上差了很多。当然他们缺钱据说也跟复旦内部没有拨款重点支持有关。此外2007年开始卫生部长是二医的教授，因此可能为了讨好领导，有很多评奖、项目都对二医有较大倾斜。这两点是上医很长一段时间发展停滞的主要原因。目前，新的上海医学院整体已经在2011年成立，不再是院系分立的格局，而且上海市开始参与重点建设上医，现在资金问题已经解决。因此未来差距会不会变大不好说，谁更好一点也不好说。
附属医院方面，二医的三甲医院真的很多，交大系的医院可以分为三类：第一类是直属附属医院，其人事财政等全部由交大医学院统一管理：瑞金、仁济、新华、九院、儿中心；第二类是原交大附属医院，由上海市管理：六院、一院、儿童医院、胸科；第三类是合并后划归交大作为附属医院：国妇婴、精总、同仁（https://www.zhihu.com/question/53496960/answer/135552283 来源：知乎）。都是三甲医院。而上医附属的三甲医院只有中山、华山、肿瘤、儿科、妇产科、五官科、华东、公卫，最近加了个上海市口腔医院，可能是要发展口腔医学了？因此三甲医院数量和规模上的差距直接导致了排名上，交大的临床医学全国第一。至于医院排名，复旦大学医院管理研究所《中国最佳医院排行榜》，上交瑞金第4、复旦中山第6、复旦华山第8、上交仁济第18，这是各校前两所的情况。（www.fudanmed.com/Finstitute/Fnews222.aspx）那个“最佳答案”引用的应该就是这份榜单，因此不是交大附属医院水平一骑绝尘的状况。分科室的榜单除了复旦版还有北大版，可以自行检索一下。
招生而言目前模式没什么区别，分数线基本上也是因为每个省专业不同。在只招1-2人的省份临床八年的分数线肯定比护理学要高很多。而从学习的角度来说，学院的历史还是有差异的，比如二医考试之前老师比较nice会划重点，而上医考试是没有重点一说的，书上的和课上讲过的都是重点。更可怕的是复旦第一第二年医学的学生和其他学生一起上基础课通识课，于是导致第三年开始课多事情多考试痛不欲生。
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利益相关：复旦非医学专业校友