增值税超了免征额，要全部计算缴纳增值税，而不是扣除免征基数再计算缴纳增值税。
《财政部 国家税务总局 关于进一步支持小微企业增值税和营业税政策的通知》 （财税〔2014〕71号）：为进一步加大对小微企业的税收支持力度，经国务院批准，自2014年10月1日起至2015年12月31日，对月销售额2万元（含本数，下同）至3万元（含3万元）的增值税小规模纳税人，免征增值税；对月营业额2万元至3万元的营业税纳税人，免征营业税。
2015年的税收优惠政策规定，按月申报的，当月收入3万元以下，按季度申报的，季度营业收入90000元以下可以免征增值税（营业税也可以的）。超过90000元的就不可以免征增值税了，要全额计算缴纳增值税，就是说不到90000元的，不交增值税，超过90000元的，要全部计算缴纳增值税，而不能扣除90000元。
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