因为对组织机构代码证的管理，各地方政府都有地方政策，但通常规定，组织机构应当在代码管理部门规定的时间内持代码证书正本和副本及有关证件，到代码管理部门年检。对于未办理代码登记、变更、年审、注销或者代码证书更换、补领手续的，由市或者区、县技术监督行政主管部门责令其限期改正；逾期未改正的，处以罚款。罚款的数额依照各地市的管理规章制度来确定，一般在1000元以下。对于你公司错过年检期，但不属于恶意的不参加年检，情节不严重，如果你所在地方管理部门不是要求特别严苛的话，罚款或许可免。
你也可以咨询你所在地的代码管理部门，或参考全国组织机构代码管理中心的网站,
http://www.nacao.org.cn/publish/main/index.html 按你公司所在地的组织代码管理办法来办理代码证的年检。