以下是2012年中国科学院研究生院攻读硕士学位研究生招生的专业目录，主要涵盖以下几个学院和研究所：
1. 数学与系统科学研究院/数学科学学院：这所学院提供数学相关专业的硕士研究生教育。
2. 力学研究所：专注于力学领域的硕士研究生培养。
3. 物理研究所：为物理科学的学生提供了深造的机会。
4. 高能物理研究所：致力于高能物理学的前沿研究，吸引着对理论与实验物理有兴趣的学生。
5. 声学研究所：在声学领域提供硕士研究生课程，培养专业的声学研究人才。
6. 理论物理研究所：理论物理学是重要的研究方向，为有志于理论研究的学生敞开大门。
7. 国家天文台：致力于天文科学研究，为天文学爱好者提供硕士研究生课程。
8. 渗流流体力学研究所：专注于流体力学的理论与实验研究，培养相关领域的专业人才。
9. 自然科学史研究所：关注科学研究的历史与哲学，为喜欢历史科学的学生提供学习路径。
10. 理化技术研究所：结合物理与化学技术，为学生提供跨学科的硕士研究生教育。
11. 化学研究所：提供化学领域的硕士研究生课程，培养化学领域的专业研究人员。
12. 过程工程研究所：关注工程过程与技术，为工程背景的学生提供深入研究的机会。
13. 生态环境研究中心：关注环境保护与可持续发展，致力于环境科学的硕士研究生教育。
以上就是中国科学院研究生院在2012年招生时的硕士研究生专业目录，涵盖了广泛的研究领域，为不同兴趣和专业背景的学生提供了丰富的选择。