投入产出法：参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据农产品单耗数量、当期销售货物数量、农产品平均购买单价（含税，下同）和农产品增值税进项税额扣除率（以下简称“扣除率”）计算。公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1+扣除率）
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期农产品耗用数量和平均购买单价时，应依据合理的方法归集和分配。
平均购买单价是指购买农产品期末平均买价，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用。期末平均买价计算公式：
期末平均买价=（期初库存农产品数量×期初平均买价+当期购进农产品数量×当期买价）/（期初库存农产品数量+当期购进农产品数量）
注意事项：
1、抵扣进项税额的原始凭证是否真实、合法、合理；是否符合相应的使用范围；专用发票的开具是否符合要求；票面的逻辑关系是否正确；防伪税控系统开具的增值税专用发票是否经过认证；认证或是否及时申报。
2、有无将外购固定资产以低值易耗品、修利用备件的名义入账，巧立名目，多抵扣进项税额；有无将外购固定资产支付的运费申报抵扣进项税额；
3、有无将外购货物改变用途后（如用于非应税项目、集体福利个人消费等）仍然申报抵扣进项税额。
4、有无发生非正常损失的外购货物、在产品、产成品以正常损失报批，不结转进项税额转出。
5、企业兼营非应税劳务，分别申报缴纳增值税、营业税的，有无按外购货物全额申报抵扣进项税额；外商投资企业兼营出口与内销，有无按购买国内原材料的全额申报抵扣进项税额。
6、有无发生进货退出或折让并收回价款和增值税款时，不相应减少当期进项税额，造成进项税额虚增。
7、有无将从购买方取得的平销返利转做账外小金库，不冲减进项税额；或将取得的实物返利以接受捐赠的名义入账，不冲减进项税额；有无将从购买方取得的平销返利不冲减进项税额而错转销项税额。
（一）试点纳税人以购进农产品为原料生产货物的，农产品增值税进项税额可按照以下方法核定：
1、投入产出法：参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据农产品单耗数量、当期销售货物数量、农产品平均购买单价（含税，下同）和农产品增值税进项税额扣除率（以下简称“扣除率”）计算。公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1+扣除率）
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期农产品耗用数量和平均购买单价时，应依据合理的方法归集和分配。
平均购买单价是指购买农产品期末平均买价，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用。期末平均买价计算公式：
期末平均买价=（期初库存农产品数量×期初平均买价+当期购进农产品数量×当期买价）/（期初库存农产品数量+当期购进农产品数量）
2、成本法：依据试点纳税人年度会计核算资料，计算确定耗用农产品的外购金额占生产成本的比例（以下称农产品耗用率）。当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据当期主营业务成本、农产品耗用率以及扣除率计算。公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1+扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期主营业务成本以及核定农产品耗用率时，试点纳税人应依据合理的方法进行归集和分配。
农产品耗用率由试点纳税人向主管税务机关申请核定。
年度终了，主管税务机关应根据试点纳税人本年实际对当年已抵扣的农产品增值税进项税额进行纳税调整，重新核定当年的农产品耗用率，并作为下一年度的农产品耗用率。
3、参照法：新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，试点纳税人可参照所属行业或者生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或者农产品耗用率。次年，试点纳税人向主管税务机关申请核定当期的农产品单耗数量或者农产品耗用率，并据此计算确定当年允许抵扣的农产品增值税进项税额，同时对上一年增值税进项税额进行调整。核定的进项税额超过实际抵扣增值税进项税额的，其差额部分可以结转下期继续抵扣；核定的进项税额低于实际抵扣增值税进项税额的，其差额部分应按现行增值税的有关规定将进项税额做转出处理。
（二）试点纳税人购进农产品直接销售的，农产品增值税进项税额按照以下方法核定扣除：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价×13%/（1+13%）
损耗率=损耗数量/购进数量
（三）试点纳税人购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等），增值税进项税额按照以下方法核定扣除：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×13%/（1+13%）
农产品单耗数量、农产品耗用率和损耗率统称为农产品增值税进项税额扣除标准（以下称扣除标准）。
五、试点纳税人销售货物，应合并计算当期允许抵扣农产品增值税进项税额。
六、试点纳税人购进农产品取得的农产品增值税专用发票和海关进口增值税专用缴款书，按照注明的金额及增值税额一并计入成本科目；自行开具的农产品收购发票和取得的农产品销售发票，按照注明的买价直接计入成本。
七、本办法规定的扣除率为销售货物的适用税率。本回答被提问者和网友采纳