发票作废了但已经给客户的，应该尽快找客户收回作废发票，否则如果被税务局发现，不仅会要求补交税款，而且会以未按规定开具发票的行为进行处罚。
发票作废的情形：开具增值税发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理。作废增值税发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。国税发〔2006〕156号规定，同时具有下列情形的，为所称作废条件：
（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月。
（二）销售方未抄税并且未记账。
（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。开具发票后，如发生销货退回需开红字发票的，必须收回原发票并注明“作废”字样或取得对方有效证明。
开具发票后，如发生销售折让的，必须在收回原发票并注明“作废”字样后重新开具销售发票或取得对方有效证明后开具红字发票。增值税一般纳税人开具增值税专用发票（以下简称“专用发票”）后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，应开具红字专用发票。
预缴查补税款可能会影响罚款的金额。
部分案件可能会涉及到罚款问题，如纳税人涉及偷税的，应当处以并处不缴或少缴税款的百分之五十以上五倍以下罚款，纳税人主动预缴查补税款，则可能会影响罚款的幅度。
税务机关对税款和滞纳金没有自由裁量权，对罚款却有自由裁量的权力。
根据《行政处罚法》第二十七条和《税务行政处罚裁量权行使规则》第十五条规定，主动消除或者减轻违法行为危害后果的，应当从轻或者减轻行政处罚。纳税人在《税务行政处理决定书》作出之前，主动向税务机关缴纳税款、滞纳金。
以消除或者减轻逃税行为对国家税收造成的损失，可以认定为符合从轻、减轻处罚的情节。预缴查补税款表达了被查方积极配合检查的态度，税务机关在决定行政处罚幅度时，一般都会尽量从轻或者减轻处罚。
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