马尔堡病毒与埃博拉病毒属于同“丝状病毒科”家族，它的发现早于埃博拉病毒。
在1967年秋，西德马尔堡、法兰克福和南斯拉夫贝尔格莱德的几所医学实验室的工作人员中同时暴发了一种严重出血热，有31人发病，其中7人死亡，病症亦因此而以该地命名，之后在法兰克福及贝尔格莱德亦有病例。31人中，25人是直接感染，当中七人死亡。直接染病的人多是因为接触当地实验室内染有马尔堡病的猴子而致病。另外六人是二次感染，当中包括两名医生，一名护士，一名解剖助理，及一名兽医的妻子。他们都是与直接感染的病人，有紧密接触。两名医生是在抽血时不慎接触病者血液染病。这次爆发的来源经调查后，发现是来自非洲乌干达一种品种为 Cercopithecus aethiops 的猴子。西德的一家公司入口该批染有病毒的猴子，原意是用来研制小儿麻痹症的疫苗。
1975年，一名从津巴布韦回到南非的人，感染了另外三名南非人。但该次小规模爆发只引致了一人死亡。
1980年及1987年在肯尼亚亦有发现马尔堡出血病，但亦没有大规模爆发。之后最大的爆发发生在1998年至2000年的刚果民主共和国。149宗个案中123人死亡。
2004年10月起，马尔堡病毒在非洲安哥拉爆发，至2005年7月才平息，超过300人病发身亡。据美国疾病预防及控制中心数字，2005年内，病症个案以每天3%速度增加。这次爆发的发病死亡率维持高达99%，首五个月更高达100%。
2014年10月5日，由乌干达政府卫生部宣布：该国发生新一轮马尔堡出血热疫情。乌干达首都坎帕拉一名医务人员被发现死于马尔堡病毒，这名死者在9月18日前后出现头痛等症状，身体状况不断恶化，9月28日不幸离世。他的血液样本经过检验后，确证感染马尔堡病毒。乌当局已将与这名死者有过接触的80人隔离。乌卫生部强调，这次发现的马尔堡出血热和正在西非暴发的埃博拉出血热疫情无关。
2014年10月7日，根据乌卫生部10月7日发布的消息称，与马尔堡病毒感染死亡者亲密接触的人中，有8人出现症状，另外，乌卫生部在密切接触死者名单中，增加了17人，截止6日为止，处于医学观察的人数达到97人。
