《南京城墙沿线城市设计》的规划范围为南京城墙或其遗址与护城河内外两侧各外延约50米的区域，局部扩展，整体呈环状分布。北至象山路，东至紫金山，南至雨花台，西至外秦淮河。规划范围总面积约8.43平方公里。
南京城墙在历史上不是同一时期建成的，不同分期需要对应不同的保护方式。此外，城墙各段建筑基础不同，面临的实际问题也不同。例如北面城墙的基础是山体，西边则是在石头城的基础上建成的。
需要保护的不仅是物质存在，还要保护古人思考的智慧。古人有一个非常好的思路值得借鉴，就是他们能够尊重历史，利用遗存，巧用山水。
第一段是从神策门到太平门。这段自然景观基础较好，可以看到玄武湖和紫金山，因此主要是修剪树木，打开视野，同时地面要能走得通，突显这段城墙看山观水价值。
第二段是从太平门到东水关。此段东部本身就是钟山风景区的一部分，还有相当长的一段在军区内，因此不太主张在城墙上走，可以从钟山风景区的紫霞湖、琵琶湖欣赏墙体，可以看到纯粹的轮廓线。
第三段是从东水关到西水关。此段城墙本体连续性比较强，人气也很旺，游客上去走完这段城墙差不多要2个小时。历史上东水关到西水关就有一个习俗，叫‘走春’，在城墙上走一走可以祛邪、驱寒气。
第四段是从西水关到石头城再到狮子山。此段沿线是包山墙，在山体上走，水上也有游船线路。
第五段是从狮子山到神策门。北段相对来说保留较差，清末到近代，通铁路都在北面这一线，所以基本上拆完。但也有遗址，此段需要把过去的线路表达出来，并把遗址作为节点。 南京城墙是南京的重要历史文化遗产，是南京历史文化名城的重要组成部分，自建成以来，对南京的城市空间布局和城市发展产生了深刻影响，对南京城市特色的塑造以及城市格局的形成具有关键作用。南京城墙的保护工作一直以来受到市委、市政府高度重视。
1996年4月，南京市制定了地方性法规《南京城墙保护管理办法》。《办法》的出台对于加强南京城墙的规划、保护和管理发挥了一定的作用。但随着经济社会的发展和城墙保护管理体制的变化，南京城墙保护实际工作中出现了一些新情况和新问题，《南京城墙保护管理办法》不能满足实际工作的需要；另一方面，现有关于南京城墙保护管理方面的规定，与目前城墙申报世界文化遗产工作的要求还存在一定差距，需要从立法上进行完善。
《南京城墙保护条例》经2014年12月30日南京市十五届人大常委会第14次会议制定，2015年1月16日江苏省十二届人大常委会第14次会议批准。该《条例》分总则、保护和利用、监督和管理、法律责任、附则5章程40条，例自2015年4月1日起施行。1995年11月28日南京市十一届人大常委会第20次会议制定的《南京城墙保护管理办法》予以废止。除现存的20多公里明代京城城墙及皇城、宫城城墙外，总长达60多公里的明城墙外廓也被纳入保护范围。
条例规定，城墙保护范围划定前已经存在的建（构）筑物，不得翻建、改建或扩建；影响城墙保护的，应当在规定期限内改造、拆除；城墙保护范围划定后，任何单位和个人不得建设影响城墙保护的建（构）筑物；宫城遗址范围内及其城墙遗址外侧100米范围内，不得新建建（构）筑物；皇城城墙遗址上不得新建建（构）筑物，逐步拆除现存建（构）筑物，不能拆除的建（构）筑物及原城墙拐点处应设置永久性标志进行展示；外郭墙基（体）两侧各划定30米至50米的公共绿地，可以采用绿化景观标示城墙走向。
城墙沿线的建筑将被严格限制高度。在建设控制地带内建设建（构）筑物的，其高度不得超过所在地区城墙高度。条例对建筑的高度也进行了细化：其中，遗址、遗迹段不超过十二米，建设控制地带以外至一百米范围内不超过十八米。体量、风格、色调、密度应当符合城墙保护规划要求，与周边环境风貌相协调，并依法办理相关审批手续。因公共利益确需突破上述高度控制标准的，应当进行景观视线影响分析，向社会公示后，报市人民政府批准。
此外，按照城墙保护条例，城墙的城砖、条石、内包夯土、门楣、碑石、礌石及古建构件等属文物，任何单位和个人不得买卖，城墙上的城砖铭文也不得擅自拓印。 南京历史名城保护规划，对老城区、尤其是明城墙周边的建筑有严格的控高要求，城墙内外15米内不允许新建建筑，15-30米范围内，建筑在7米以下； 明城墙沿线30-50米控制范围内地块，新建建筑在12米以下；明城墙沿线50-100米控制范围内地段，新建建筑控高18米以下。明城墙内老城区，除重点建设区域（新街口、湖南路、龙蟠路等）都控制在50米以下，若有突破，需经城市设计、景观分析、交通影响分析，并由专家论证确定。
2013年，南京市委、市政府拆除大院里部分建筑以保护明城墙，并自缩地盘还绿于民。此次决定自拆的有6幢楼，为后勤、办公等用房，它们均建于二十世纪七八十年代，楼址紧挨明城墙。对照后来颁布的《南京城墙保护管理办法》，这些老建筑处于明城墙保护红线内。为带头落实文保规定，在相关单位已进行办公用房调整的基础上实施拆除，拆出来的5000多平方米空地，建成景观绿地，免费对市民开放。
2014年3月22日，南京市政府宣布，将带头把12层办公大楼的台城大厦拦腰砍掉六层，也就是从7层开始进行保护性拆除，拆得只剩下面6层，高度降低至24.8米。预计到9月前改造完成，完工后的大楼顶部依旧是绿瓦平顶。这是南京市政府对南京明城墙超高建筑实施降层的举措之一。
台城大厦于2000年建成投入使用，地上12层，地下一层，建筑高度约48米，此前一直是南京市发改委、市经信委等10多家机关单位的办公用房。发改委等单位搬到河西后，台城大厦内一度只有两个单位在临时办公，由于大厦开始改造，这两个单位也全部搬空。 【详见相关明清城墙、中国世界文化遗产预备名单、中国世界遗产等词条】
中国明清城墙联合申遗城市分别为南京、西安、兴城、襄阳、荆州、临海、寿县和凤阳，南京为牵头城市，此外还有河北正定、福建汀州、河南开封、广东肇庆正积极申请加入。
南京明城墙属于京师城池规格，西安明城墙属于二级王城，襄阳、荆州、台州（临海）属于府城，兴城是中国仅存的明代卫城并一度做过县城。寿县古城墙是具备双重功能的州级行政建制的城墙，凤阳明中都皇故城是明太祖朱元璋以“中都规制”兴建的都城建筑，也是后来改建南京和营建北京的重要蓝本。在2013年《预备名单》中，明清城墙排在第7位，随着排名第一的大运河成功晋级世界文化遗产，明清城墙目前排位在第6位。 2015年8月中旬，南京市规划局联合东南大学组织编制的《南京城墙沿线城市设计》，已通过南京市政府批复。按照规划，南京明城墙分为5段打造，成环状分布，对于没有墙体的缺失部分，将用绿色的植物墙体补齐。部分城墙和城门今后也将有一定的改动。
以中华门为例，未来中华门将取缔镇淮桥停车场，在水上游线方面，将中华门码头移至镇淮东桥东侧。从中华门城堡的西门出来之后，车流就汇集到了长干桥上。在未来的设计中长干桥有望变身为步行桥，同时在它两边架设机动车道，这样一方面是方便游客的游览，同时还可以沟通金陵大报恩寺遗址公园。
南京国门“正阳门”（今光华门）将用四道植物墙体重塑，清凉门处将建“石头津”游船码头，通济门将建遗址公园，与东水关遗址相连等等。规划部门表示，此次城墙沿线设计，并不会对城墙附近的民居进行强制性的集中搬迁和拆除。在城墙周边的新建建筑会予以控制，比如说保护地带不允许新建，除了一些设施以外，对已有的居民小区是择机进行改造，并不是要求一次性的拆除到位，在条件成熟的时候这些居民需要搬迁的时候，把这些建筑拆除。
