解答
仅有增值税发票不能作为已付款凭证或者说不能认定付款事实。因为在使用一般发票进行买卖交易的场合，通常情况下是在付款后再开具发票，或是开具发票行为与付款行为同时进行，发票在此种情况下可以作为付款凭证，证明已付款的事实。但在使用增值税发票进行交易的场合，这种专用发票具有证明销售方已尽纳税义务和购买方进项税额的作用，因而它就又具有了确定最终应付价款准确数额的作用，但并不能起到物权凭证的作用。所以，为了以增值税发票证明付款的事实，其仍需另外举证补强，以其他证据如进帐单、支票存根等付款凭证来作为已付款的依据，否则，增值税发票就不能作为已付款凭证。
第一、从证据本身的性质分析，增值税专用发票不应单独作为买卖合同的交付凭证直接予以认定。我国从1994年1月1日全面实行了以增值税为主体，消费税、营业税并存的流转税制度。增值税是以在商品生产流通或提供劳务过程中的增值额为征税对象的流转税种。增值税专用发票既是一般纳税人从事生产经营活动的商业凭证，又是记载该专用发票开具方应纳税额和受票方抵扣进项税额的合法证明，具有双重功能作用。根据我国对增值税专用发票管理的有关法律、法规的规定，增值税专用发票的出票和抵扣应以真实的交易行为为基础，但这仅是法律对该类发票管理的应然状态所进行的规定。在现实的商业活动中，由于不同交易主体、交易内容、交易习惯、市场环境的情况较为复杂，“先票后款”、“先票后货”的实然状态大量存在，甚至部分纳税人并未发生真实交易而虚开发票的情况也较为普遍，税务机关和有关司法机关实际上不可能对所有违规、甚至违法行为一一进行认定与查处。同时，由于税法和合同法调整的是不同性质的法律关系，是否依据真实的交易行为开具增值税专用发票的行为本身也应受到与税收相关的法律、法规的调整，而非依据合同法进行认定和处分。因此，在以买卖合同纠纷作为基础法律关系的案件中，尽管根据合同法的136条的规定，出卖人在交付标的物时应当按照约定或交易习惯向买受人交付提取标的物单证以外的有关单证和资料，如商业发票、使用说明书、产品合格证等，但根据现阶段市场运行的实际状况，审判中不宜直接将商业发票认定为一方当事人履行了合同约定的给付义务的凭证，卖方出票和买方抵扣事实仅应对买卖双方是否履行交付义务起到间接证明的证据作用。
第二、增值税专用发票能否作为买卖合同的交付凭证应根据交易习惯或实际交易情况予以分析认定。实践中，不少企业在长期的经济往来中，形成了“先票后款”或“先货后票”的交易习惯，并且在依据诚实信用原则和遵循交易习惯的基础上持续交易和结算。在合同法明确将交易习惯纳入法条给予其正当的法律地位的情况下，审理过程中对已经查明的当事人之间形成的交易习惯可以作为判案依据予以采信。
第三、从不能从违法行为获得法律利益的角度分析，将有利于建立一种鼓励规范交易的行为指引模式和一种正确的司法导向。从规范市场主体行为的角度而言，本案涉及的问题在买卖合同纠纷案件中较为常见，由此也折射出市场主体在交易中存在大量不规范交易、不注重规范交易凭证的制作与交付的问题。
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