运输业的适用抵扣税率为9%.取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的为3%.
目前对于道路通行费,取得纸质发票(非电子发票)不能抵扣进项税额;取得电子发票,可以按照发票上注明的税额抵扣进项税额。
通行费发票如何抵扣增值税：
(一)通行费增值税电子普通发票
自2018年1月1日起,纳税人支付的道路通行费,按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额.
申报表填写栏次:增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后,应当自开具之日起360日内登录本省(区、市)增值税发票选择确认平台,查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息.在纳税申报时填入《增值税纳税申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)中"认证相符的增值税专用发票"相关栏次中.
(二)通行费纸质发票(不含财政票据)
1、2018年1月1日至12月31日,纳税人支付的一级、二级公路通行费,如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票,可凭取得的通行费发票上注明的金额按下列公式计算抵扣进项税额:可抵扣进项税额=一级、二级公路通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%
2、纳税人支付的桥、闸通行费,暂凭取得的通行费发票上注明的收费金额按照下列公式计算抵扣的进项税额:可抵扣进项税额=桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%
申报表填写栏次:在纳税申报时填入《增值税纳税申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)中第8b栏"其他"中。
法律依据：
《交通运输部财政部 国家税务总局 国家档案局关于收费公路通行费电子票据开具汇总等有关事项的公告》第二条
收费公路通行费增值税电子普通发票（以下简称通行费电子发票）。通行费电子发票包括左上角标识‘通行费’字样且税率栏次显示适用税率或征收率的通行费电子发票（以下简称征税发票）以及左上角无‘通行费’字样，且税率栏次显示‘不征税’的通行费电子发票（以下简称不征税发票）。客户通行经营性收费公路，由经营管理者开具征税发票,可按规定用于增值税进项抵扣；客户采取充值方式预存通行费，可由ETC客户服务机构开具不征税发票，不可用于增值税进项抵扣。
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