总公司授权 分公司 独立开发票合法。分公司无论是否为独立核算，只要是从事生产经营，与总机构不在同一县(市)的，就应该到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。分公司可以开发票。但必须取得 营业执照 以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。如果分公司业务开具的是 增值税发票 ，分为以下三种情况： 1、 公司设立 的分公司如果是一般纳税人就可以互相开具 增值税 专业发票; 2、如果分公司是 小规模纳税人 ，只能开具普通发票，而且总公司不能抵扣; 3、小规模纳税人可以向税务部门提出申请，委托代开 增值税税率 为3%(自09年起不再区分工、商业，一律按照3%征收)的专用发票，但是对方公司只能3%的进项税额，从自己的销项税额中抵扣。
《中华人民共和国公司法》第十四条 公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。 公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。 《中华人民共和国民法典》第七十四条 法人可以依法设立分支机构。法律、行政法规规定分支机构应当登记的，依照其规定。 分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。