在南京定都的朝代有：孙吴（或称东吴、三国吴）、东晋、南朝宋（或称刘宋）、南朝齐（或称萧齐）、南朝梁（或称萧梁）、南朝陈这六个朝代。
1、陈朝（557年—589年），史称南陈或南朝陈，是中国南北朝时期的南朝最后一个朝代，为陈武帝陈霸先于永定元年（557年）代南梁所建立，定都建康（今江苏省南京市）。传五帝，共历三十二年。
2、南朝梁（502年～557年），是中国南北朝时期的南朝第三个朝代，由雍州刺史萧衍取代南齐称帝，定都建康（今江苏省南京市）。国号梁，以萧衍封地在古梁郡，故定国号为梁。因皇室姓萧，又称萧梁。
3、南齐（479年～502年），是南北朝时期南朝的第二个朝代。开国皇帝萧道成曾在宋明帝在位期间担任右军将军。宋明帝去世后他与尚书令袁粲共同掌管朝政。502年齐和帝被迫禅位于起兵夺位的将领萧衍。南齐覆灭，南齐是南朝四个朝代中最短命的，仅有二十四年。
4、南朝宋（420年—479年），是中国南北朝时期南朝的第一个朝代，是正统王朝，是南朝中存在时间最久、疆域最大的朝代。共传四世，历经十帝，享国59年。因国君姓刘，为与赵匡胤建立的宋相区别，又称为刘宋；按五德终始之说，其为水德，又称水宋。
5、东晋（317年～420年），是由西晋皇族司马睿南迁后建立起来的王朝。此外，史书中又仿东汉称中汉，称东晋为中晋，寓以晋室中兴之意；又东晋统治地区大部分在江东，古称江左，因此以江左代指东晋。
以上内容参考：百度百科--六朝
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