宗教与科学的本质关系如下：根本对立的关系。
科学与宗教关系的复杂性：广义理解与狭义理解
关于科学与宗教的关系，学术界和宗教界众说纷纭、莫衷一是。为使讨论进一步深入，有必要将科学与宗教关系的确切含义搞清楚，避免隔靴搔痒、各说各话。为此，需要对什么是科学、什么是宗教达到一些基本的共识。
什么是科学？
广义的科学可以包括自然科学与社会科学。我们这里讨论自然科学。科学学的创始人、英国学者贝尔纳在《历史上的科学》一书中说：“科学可作为：一种建制；一种方法；一种积累的知识传统；
一种维持或发展生产的主要因素；以及构成我们的诸信仰和对宇宙和人类的诸态度的最强大势力之一。”
什么是宗教？一般认为，宗教是以信仰和崇拜超自然力量和境界为核心的社会意识，是由宗教观念、宗教体验、宗教行为和宗教体制四个基本要素构成的社会文化体系。
恩格斯在《反杜林论》中给出过这样的答案：“一切宗教都不过是支配着人们日常生活的外部力量在人们头脑中的幻想的反映，在这种反映中，人间的力量采取了超人间的力量的形式。”这一经典论断揭示了宗教观念的本质特征。
如果考虑到科学与宗教的各个方面，它们之间的关系显然是很复杂的。广义的理解：可以是一对一的关系，比如，科学建制与宗教意识之间的关系，或科学建制与宗教体制之间的关系；也可以是一对多或多对多的关系。狭义的理解则是指科学知识体系与宗教社会意识之间的关系。
正因为如此，对于科学与宗教的关系，也就有了形形色色的看法和主张，结论可以如此地不同：
（1）二者是协调一致的、和谐的；
（2）二者是矛盾对立的、相互冲突的；
（3）二者是毫不相干的，所以是非冲突的；
（4）二者既有区别又相互联系。这些不同的看法，就它们各自所涉及的科学与宗教的具体内涵来讲，或许有其合理性，但切不可以偏概全。
中肯的讨论应该深入了解科学包括哪些内涵，宗教包括哪些内涵，弄清所涉及的是科学哪些内涵和宗教哪些内涵之间的关系，这样才不致产生歧义。