元代及明初，是程朱理学教育思想流行时期。元人程端礼著《程氏家塾读书分年日程》，对推行理学教育颇有影响。至明中叶，以王守仁为代表的心学教育思想，作为程朱理学教育的对立面而崛起，曾盛行 200余年。
王守仁提出了以“存养”为特征的教育过程论。他认为教育的起点不是程朱学派提出的博学，而是“致良知”。“良知” 即是人心自然固有的 “天理”，是忠、孝、仁、悌、信等道德观念，是不学而能辨别是非善恶的能力。由于人的“私欲”的遮蔽，才使“良知”“昏昧放逸”，行为陷入“非辟邪妄”。“致”就是“省察存养”,“省察是有事时存养,存养是无事时省察。”他说读书的作用仅仅是印证心中的“良知”而已。“致良知”的教育过程，便是教人直接做去人欲存天理的功夫。也就是“谨守其心”。
王守仁认为理学家的“知先行后”说，导致宋明以来的读书人思想和行为表里不一，言行脱节。为了克服此种弊端，王守仁提倡“知行合一”说。认为“知行本体”是合一的，凡“真知”必然表现为行，进而将人的主观意念、动机、感情均划入行的范畴，混淆了知行界线，否定由知到行的转化过程。目的在于强调道德动机与道德行为的严格统一。就道德教育而论，仍有其重要意义。
理学家们注重刻板的规矩对儿童进行道德行为习惯训练的意义，王守仁则批评这种教育方法摧残儿童身心，认为儿童教育应顺应童子“乐嬉游而惮拘检”之情，重在诱导、鼓励、陶冶。他尤重视“歌诗”的多方面的教育意义。
王守仁的教育理论虽建立在主观唯心主义哲学基础之上，但他倡导对各家学说，特别是朱子学说持批判态度，这在当时起着启迪人们去进行独立思考的作用。
明清之际，随着封建社会内部矛盾和民族矛盾的激化，新的资本主义生产方式的萌芽，城市市民阶层的兴起，形成了启蒙学派，代表人物有顾炎武、黄宗羲、王夫之、颜元、李、戴震等，他们受南宋的陈亮、叶适等功利学派思想影响，在批判程朱理学、陆王心学的教育观点中，形成了自己的教育理论体系。启蒙学派立足于理气一元论的朴素的唯物论立场,批判“性即理”“心即理”等错误观点，提出理“即在事中”。人性或人心中不存在“天理”，但具有知理义的能力。王夫之认为这种知理义的能力是在人的力学中， 日生日新， “日生则日成”。戴震则认为。“气质之性”就是“血气心知”,亦即是“欲”、“情”、“知”。肯定“欲”的合理性及其在道德修养中的积极作用。启蒙学派清除了理学家和心学家加在人性上的先验形式，把人性理解为与生俱来的生理素质这接近了科学的先天禀赋说启蒙学派当时亲身经历亡国之痛， 疾恨理学、 心学教人静坐、修心养性，做“无用之人”；斥责词章与八股文的训练，禁锢人们思想,毁坏人才,其祸“甚于焚坑”。他们继承事功学派的传统，主张“正其谊以谋其利，明其道而计其功”,提倡“经世致用”的学问,学习军事、财经、农业、水利、手工业、林业等实际知识、技能，造就经济人才。启蒙学派提出以重行为特征的教学过程理论。他们既反对“知先行后”说，也否定“知行合一”说， 主张“行先知后”说，对“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之”重新作了阐发。他们认为知和行有区别，不能“销行于知”,但“知行终始不相离”,而行是基础“行”不仅是“知”的来源,而且渗透学、问、思、 辨各个环节之中启蒙学派强调“履事”“习事”、“实历”、“习行”、“习作”、“实践”在教学中的首要作用，但同时亦指出知对行具有反作用，指导人们趋利避害。两者是相辅而行的, “知行相资以为用”, 知行“并进而有功”启蒙学派的知行观及其教学过程论,在一定程度上，已将自发的辩证法和朴素的唯物论结合起来，为近代资产阶级教育思想的产生，开辟了道路。
