治疗方法
1.西医药治疗
<1>手术治疗：分有肛瘘切开或切除术、肛瘘挂线术、乙状结肠造口术、激光手术等。肛瘘急性感染期不宜施实手术。克隆病、溃疡性结肠炎合并肛瘘，须先治原发病。
<2>术后治疗：每日用双氧水和生理盐水清洗，创腔用油纱条填充。结核性肛瘘用链霉素或雷米封溶液换药。挂线术应注意橡皮筋的松紧度，需随时调整勒紧。
<3>抗生素治疗：急性感染期、术后，均需投以足量抗生素，如四环素、庆大霉素等。
2.中医药治疗（多配合手术治疗）
<1>内治法
下焦湿热：肛门局部红肿热痛，大便秘结，里急后重，小便短赤，溃脓稠厚，伴有发热，周身困重，舌红苔黄腻，脉弦滑数。
治法：清利湿热，通便消肿。
方药：黄柏15克、苍术10克、牛膝10克、滑石15克、木通10克、大黄10克、山栀10克、萆10克、蒲公英30克、蚤休30克、丹皮15克。
湿毒蕴结：肛门局部红肿热痛，排便疼痛加重，有发热感，溃脓浊稠味臭，大便干结，小便短赤，伴有发热畏寒，口干苦，乏力，舌红苔黄厚而干，脉弦数。
治法：清热解毒，利湿消肿。
方药：柴胡15克、龙胆草15克、生大黄10克、芦荟15克、黄连10克、黄芩10克、黄柏15克、山栀10克、金银花30克、蒲公英30克、木通10克、车前子（包）15克、地丁30克。
阴虚火旺：肛门局部溃疡经久不愈，红肿热痛不明显，溃脓稀薄，时有时无。伴见周身乏力倦怠，时低热，口干少饮，舌偏红苔黄偏干，脉细微数。
治法：滋阴清热除湿。
方药：青蒿15克、生地10克、地骨皮10克、鳖甲（先煎）30克、苍白术各10克、黄柏10克、牛膝10克、胡黄连15克、山药15克、泽兰泻各15克、丹皮15克、甘草5克、夏枯草15克。
如气血虚者，可服中成药人参养荣丸、十全大补丸、人参归脾丸等。
<2>外治法
1.外薰洗法：炎症期：生大黄20克、苦参30克、蛇床子20克、百部60克，煎水薰洗。
2.外敷药：薰洗后，先用药捻或药丁插至瘘管口再后退少许，外敷黄连膏、如意金黄膏、红升丹等，外盖灭菌敷料固定。隔日换药1次。
注意事项
1.锻炼身体、增强体质、提高抗病能力。
2.合理饮食、预防消化系统疾病，及时治疗慢性疾病，如慢性腹泻、习惯性便秘等。
3.如出现肛门直肠周围脓肿，早期应热浴，外敷抗菌消炎药，如无好转，应及早就医切开引流。