为实现明朝的长治久安，朱元璋对国家机构实行大刀阔斧的改革，进一步巩固和加强封建专制主义的中央集权。
公元1376年(洪武八年)，朱元璋宣布废除行中书省，设承宣布政使司、都指挥使司和提州按察使司，分担行中书省的职责，三个机构互相制约，直属皇帝领导。1380年(洪武十二年)，朱元璋一举废除丞相制，规定中央的政务分别由吏、户、礼、兵、刑、工六部管理，每部设尚书一人，侍郎(分左右)二人。六部尚书直接对皇帝负责，奉行皇帝的意旨。同年，朱元璋还把最高的军事机构大都督府分成前、后、左、中、右五军都督府，各自统辖一部分军队，并规定都督府只管军队的管理和训练，而军队的调遣和将帅的任免权，则由兵部掌握。此外，军中还有皇帝所派的御史或给事中监军(后来又加派监军太监)，直接代表皇帝监督军务，向皇帝提供情报。
为保证各级官员对皇帝的绝对忠心和尽职，朱元璋还加强和完善了监察机构。1373年(洪武十五年)，朱元璋下令改元朝御史台为都察院，设有左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史，下置十三道巡按御史分巡各地，负责纠劾百司、辨明冤枉等。
朱元璋经过近三十年的更改和删定，最后终于颁布了中国法律史上极其重要的一部法典《大明律》。《大明律》条例简于唐律，精神严于宋律，这集中体现了朱元璋以猛治国的指导思想，但他不主张后人也仿效他的榜样以苛政治国。
朱元璋出身贫苦，比较能体恤民情。他认为士农工商中，农民最为辛苦。即位之初，就在全国范围内大力推行休养生息政策，要求各地官吏把开垦新田、增加户数作为头等大事来抓，并规定官吏的考核都要上报农桑的治绩，违者降罚。在赋税徭役等方面也对农民作了一些让步，鼓励兴修水利，推广棉花和桑枣果木的种植，在北方地多人少地区，允许农民尽力开垦，凡开者即为己业，大大地增加了自耕农的数量。所有这些措施在当时都有利于社会的安定和发展，为明朝前期的繁荣局面奠定了基础。
在历代封建帝王中，朱元璋是一个比较勤俭务实的皇帝。他把自己的全部精力、时间，都用在了管理他一手开创的朱家王朝。全国政务不论大小必亲自过问和处理。因为他担心交给朝臣们办一则会出现徇私舞弊现象，二则那样会使大权旁落。所以，每天天不亮朱元璋就起床办公，批阅文件一直到深夜。他对前几朝流传下来的繁文缛节非常反感，不但提倡古文，反对骈偶文字，而且还提倡用口语写文章，叫做直解。
总的来说，朱元璋为强化封建专制主义的中央集权统治，实行了一系列严厉的措施，颁布了一系列的法律，为我国封建社会经济文化的进一步发展创造了有利条件。但他同时组织了遍布各地的特务组织，对当时和后来都产生了极大的消极影响。在历代封建帝王中，朱元璋还是一个比较有作为和成就较为突出的历史人物。