施肥是苹果园综合管理中的重要环节。肥料分基肥和追肥两类。
基肥宜在中、晚熟苹果品种采收后直至落叶休眠前施用。早施基肥有利于树体贮藏养分的积累，及早恢复树势和提高树体的越冬能力，也有利于根系恢复生长和第二年的开花着果。按我国猪圈粪、堆沤肥中的有机质含量一般在10%～20%估算，每年每亩苹果园约需施入上述基肥500～2000千克。为提高并延长晚秋苹果叶片的光合能力，基肥中可适量加入尿素或硫酸铵等速效氮肥。磷和钾易在土壤中变成不溶性状态或被土壤所固定，降低肥效，一般也多混入有机肥中做基肥深施。
追肥在施足基肥的基础上施用，主要用以及时补充苹果各个生长中心时期对养分的需要，均用速效性肥料。一般每年进行1～3次。包括开花着果期、花芽分化期和果实膨大期几次追肥。例如，秋施基肥少，树体贮藏营养水平低，树势弱，对于花芽多而质量差、着果易过量的树，要施花前肥，以速效氮肥在萌芽前施入。反之，可以不施。对于大量结果的大年树，要重点掌握春梢停长期和果实迅速膨大期追肥，以促进花芽分化和提高树体的营养储备。反之，对于花少的小年树，要加强萌芽开花前追施氮肥，尽可能提高着果率，并加强当年的营养生长，相对减少当年花芽形成的数量。花芽分化期追肥以氮、磷、钾三要素配合为宜，果实膨大期追肥则以磷、钾、肥为主，有利于提高果实的品质。此外，在根系吸收能力薄弱而地上部花果发育急需养分之际，或当植株表现缺素症状的情况下，还可应用根外叶面追肥的方法。一般在喷后2小时，肥料即可开始被吸收利用。
追肥数量：大体上，乔化幼树全年每株施纯氮0.1～0.25千克，生长结果期的树施0.25～0.5千克，盛果期的树施0.5～1千克，结果多的树可增至1.5千克。磷肥用量，以P2O5为计算标准，盛果期的树株施0.3～0.5千克。钾肥用量，以K2O为计算标准，盛果期的树株施0.5～1千克。成年结果树通常以产量来衡定三要素的用量，即每100千克果实需纯氮0.4～0.7千克，磷（P2O5）0.2～0.35千克，钾（K2O）0.4～0.7千克。具体施用时，还要考虑园地的土壤情况，以及苹果的品种和砧木等的差异。必须指出，在缺氮的土壤上增施氮肥，其增产效应非常显著，但过量施氮则会降低增产效益。根外追肥的常用浓度如下：尿素0.3%～0.5%，硫酸铵0.1%～0.3%，过磷酸钙1%～3%，硫酸钾或氯化钾0.3%～0.5%，磷酸二氢钾0.5%～1%，硼砂0.1%～0.3%，硫酸锌3%～5%，硫酸亚铁0.3%～0.4%，硝酸钙0.3%～0.5%。