黄曲霉毒素主要污染粮食、油料及其制品，如花生、花生油，玉米、玉米油，大米和棉籽等。
除此之外，干果类如核桃、杏仁、椰肉、奶及奶制品；动物肝脏、干咸鱼及辣椒中也有黄曲霉毒素的污染。一般食品工业生产的酱、酱油中无黄曲霉毒素的污染，而家庭自制的黄酱等发酵食品有此毒素的污染。
黄曲霉毒素主要集中在霉变的粮粒中，凡表面上长有黄绿色霉菌，或破损、皱缩、变色、变质的花生、玉米、大米都有可能被黄曲霉毒素污染。在食用前应仔细挑选，剔除霉变粒。
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