首先判读乌龟表面的是真菌还是水碱，判断之后才能对症下药。
判断方法如下：
1.真菌一般是亮白色，紧紧附着在龟壳上，从一个点或几个点向周围蔓延，逐渐连成一片。水碱的白色不是很亮，在龟壳上有凸起感、粗糙感，一般成片出现。
2.真菌在岸上是亮白色，刚入水没有变化，依然能看见明显的白色。水碱在岸上也是白的，但一入水就有变化，白色变淡，甚至完全看不到白色。
3.水碱类似于水垢，属于碱性物质，遇酸会中和掉。而真菌遇酸不会有变化。所以，可以用牙刷沾着食醋刷一刷，能刷掉的就是水碱，没有变化的就是真菌。
真菌的处理方法：
1.发现真菌感染的龟龟要立即隔离饲养，不然会传染其他健康龟，水龟或半水龟建议干养治疗，隔离饲养的环境应该保证通风、日晒和干燥。
2.打磨覆盖物，用手术刀片的刀背打磨真菌感染产物。真菌斑很顽固，打磨需要很用力，往往把背甲都刮花了。
3.使用抗真菌类药物，如达克宁软膏，均匀的涂抹于患处，每日1-2次，一般需要三个月才能见到疗效，真菌感染严重的，需要全身应用抗真菌药物。
4.每天给龟龟泡澡2--3次，每次20分钟左右，用5%的聚维酮碘溶液溶于水中，药跟水的比例为1:500--1000。用药水浸泡龟龟的目的是在泡澡时龟龟会喝入有药的水，达到治疗的效果
水碱处理方法：
使用方法用食用醋清除龟壳上的水碱。操作方法：用牙刷沾上适量的食用醋，然后在有水碱的部位，顺时针或逆时针反复刷洗，最后用清水冲净龟体上的污汁。待龟壳干透后检查，如水碱还有，可反复用上述方法刷洗几次，直到水碱完全去除。牙刷用新的（旧牙刷的毛倒了，刷洗效果差），如是小苗，选用较软的牙刷，最好是有毛尖尖的软毛牙刷。
快速见效法：针对真菌较为严重，龟甲厚实的亚成体龟龟，可以尝试使用角磨机打磨真菌部位，较严重的个体，可以分多次打磨，以不损伤真菌下面的健康甲片为前提，尽量将白色真菌打磨干净。
龟甲打磨后，需涂聚维酮碘溶液消毒处理，待到甲片干燥后，再涂红霉素眼膏/软膏，或百多邦软膏、盐酸特比萘芬凝胶等抗真菌类药膏进行治疗。
常规处理法：直接使用红霉素眼膏/软膏，或百多邦软膏、盐酸特比萘芬凝胶等抗真菌类药膏进行治疗。将药膏涂抹于患处，定时补水，补水前需将背甲药物清理干净，补水之后注意补药。这个所需要持续的周期较长，针对龟龟真菌的不同程度，可能需要半月-两个月的左右时间。
药物原理，这些药膏多半都是油性的，能够起到隔绝空气的作用，真菌接触不到空气，就会慢慢死亡。真菌是极易复发的，改善饲养环境，才能从根本上治疗并预防真菌的复发。
家庭饲养环境，龟龟患上真菌的常见病因
1.使用复杂的过滤系统，长期不换水。
2.饲养环境空气湿度大，不通风，光照不足。
3.新购龟传染
4.冬眠使用苔藓，未定期检查杀菌处理
乌龟出现真菌感染，一般是由于水质的原因。需要将水全部换掉，水中加入5%的聚维酮碘。出现真菌感染的乌龟要及时进行隔离饲养，可采用适当延长干养时间的方式，以及涂抹抗真菌药膏进行治疗。具体情况建议前往医院检查确诊后依据病情对症进行治疗，以免延误病情。
现在各种各样的乌龟受到了很多消费者的喜爱，它们具有很高的观赏性，所以饲养的人数不断呈现出上升的趋势，但是很多人都很好奇乌龟真菌怎么治呢？其实应使用一些抗真菌药物进行治疗。如果是水龟或者半水龟，一定要保持干燥。此外，患病的乌龟必须隔离，以防止感染其他乌龟，同时隔离的地方必须保持干燥通风。另外，给乌龟喂养要注意定时定量，还需要确保食物的质量，等到喂养食物后对水质会造成影响，因此相隔两天到四天时间要换水一次。
本回答被网友采纳1、打磨覆盖物，用手术刀片的刀背打磨真菌感染产物。真菌斑很顽固，打磨需要很用力，往往把背甲都刮花了。
2、使用抗真菌类药物，如达克宁软膏，均匀的涂抹于患处，每日1-2次，一般需要三个月才能见到疗效，真菌感染严重的，需要全身应用抗真菌药物。
如何治疗龟龟的真菌感染病症 1、发现真菌感染的龟龟要立即隔离饲养，不然会传染其他健康龟，水龟或半水龟建议干养治疗。首先，隔离饲养的环境应该保证通风、日晒和干燥。建议使用聚维酮碘、达克宁等药物，这类药物对细菌、真菌、病毒等都有疗效。 2、治疗龟龟时每天于患处涂抹抗真菌类膏，比如盐酸特比萘芬软膏。此药是抗真菌感染十分有效的非处方药，这种药膏可以使真菌感染的皮肤表层脱落，进而导致真菌的脱落。然后再配合干养，细心观察，发现龟龟因活动弄掉药物及时再给涂上，观察龟龟病症时轻拿轻放。 3、每天给龟龟泡澡2--3次，每次20分钟左右，用5%的聚维酮碘溶液溶于水中，药跟水的比例为1：500--1000。用药水浸泡龟龟的目的是在泡澡时龟龟会喝入有药的水，达到治疗的效果。 4、陆龟涂药后尽量的干养的时间长点，控制好干养的时间，水盆里放入5%的聚维酮碘溶液，水跟药的比例也是1：500--1000。