单位代扣的补充养老保险按照文件规定交的不用交个人所得税，超过比例部分交个税。可以参见《国家税务总局关于企业发放补充养老保险金征收个人所得税问题的批复》
一下是文件全文，您可以不用再去查文件：
国家税务总局关于企业发放补充养老保险金征收个人所得税问题的批复
（国税函〔1999〕615号）
吉林省地方税务局《关于邮电系统发放职工补充养老保险金征收个人所得税的请示》收悉，经研究，现批复如下：
你省邮电系统将1998年实行工效挂钩以来形成的结余工资，以每人3000元的标准发放给在职工及离退休人员，作为补充养老基金。根据现行个人所得税法和《财政部、国家税务总局关于住房公积金、医疗保险金、养老保险金征收个人所得税问题的通知》（财税字〔1997〕144号）的规定，职工取得的该笔所得应按照“工资、薪金所得”应税项目计算缴纳个人所得税。具体征税办法为：
一、对在职职工取得的该笔所得，应全额计入发放当月个人的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。
二、对离退休职工取得的该笔所得，应单独作为一个月的工资、薪金收入，按税法规定计征个人所得税。
1999年9月16日