一部分是，但不全是。在日本，关于徐福渡日最早的文献，是公元920年。『义楚六帖』中提及日本僧侣谈到徐福去过蓬莱山，也就是富士山。
但从基因科学研究结果来看。可以推断，日本人的祖先来源三个：一是列岛起源，从旧石器时代开始就居住在日本列岛，是绳文人的主体；
二是朝鲜半岛起源，从旧石器时代开始就居住在朝鲜半岛，铁器时期大规模进入日本，是弥生人的主体；
三是中国大陆起源，父系祖先在旧石器时代的时候，居住在中国大陆，新石器时代有部分已经进入朝鲜半岛，剩下的部分在铁器时期分批次通过朝鲜半岛进入日本。因此，日本人不全部是徐福的后代，但也许有相当一部分是徐福的后代。