西南交通大学与福州大学，西南交通大学更好。
比校史，西南交通大学前身是唐山铁道学院，唐校是中国交大五校之一。福州大学那个水到爆炸的校史我就不说了。
比学科评估，教育部的学科评估够权威吧，福州大：A－化学，B＋工商管理，管理科学与工程，B化学工程与技术，数学，机械工程，B－懒得说了。西南交通大学：A类有交运和土木，B＋有工商管理，管理科学与工程，计算机，通信工程，电气工程，机械工程。
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比保研率，西南交通大学是56所独立研究生院之一，有着百分之十五＋的保研率，你福州大学也就百分之八左右吧。
西南交通大学（Southwest Jiaotong University）简称“西南交大”，位于四川省成都市，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，由教育部、中国铁路总公司、四川省和成都市共建， 位列国家首批世界一流学科建设高校、211工程、985工程优势学科创新平台重点建设的研究型大学。
以上内容参考：百度百科-西南交通大学
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