增值税专用发票的抵扣流程： 1、首先需要将税控盘插到电脑的主机上，登录到增值税综合服务平台，点击需要认证的月份； 2、勾选好发票的开票日期，点击查询； 3、勾选收到的纸质需要认证的发票，点击确定并提交； 4、提交之后选择申请统计，勾选认证成功； 5、最后进入电子税务局填写增值税申报表进行抵扣。
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第八条
纳税人购进货物或者接受应税劳务支付或者负担的增值税额，为进项税额。下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额；
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额；
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=买价×扣除率；
（四）购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率。
《增值税暂行条例》
第八条
纳税人购进货物或者接受应税劳务支付或者负担的增值税额，为进项税额。下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额；
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额；
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=买价×扣除率；
（四）购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额×扣除率。