首先要说明一下，动画版比漫画版要出得早，动画版的人设贞本义行是漫画版的作者。
贞本异型嘛，不赚钱的东西他也没兴趣画了……看过动画的人肯定都会记得当年他跟庵野痞子的“新世纪污钱计划”那个经典65秒静止画面（渚薰之死），看到这里的人基本都会以为电视坏了……赚了那么多钱，贞本同学当然就没有兴趣花时间去画漫画了，新剧场版都出了，更没时间画漫画啦。
漫画版是我上高中的时候看的，现在回想一下，区别倒是不少，不过我的记忆也有些模糊，说的不对的请多多包涵……
1、动画版明日香真嗣驾驶二号机跟第六使徒（鱼天使）战斗那话（明日香来日）在漫画版中被简化了，并没有真嗣跟明日香并肩战斗那段，取而代之的是明日香自己与使徒战斗，真嗣等人不过通过屏幕看到了她战斗的英姿~~然后明日香来到日本后教训了一群小混混……
2、第七使徒明日香真嗣战斗胜利之后动画版真嗣从初号机中出来后两人大吵一架，漫画版改为在插入拴中吵架，吵完以后两人都睡着了……
3、第八使徒（胎天使）漫画中被删掉了……（就是动画中去火山灭使徒那话）取而代之的是真嗣去绫波家加深了解……
4、同样，漫画中第九使徒（雨天使）也没了……（动画中真嗣绫波明日香合作灭掉的那个蜘蛛模样的使徒）
5、动画中美里带真嗣去NERV总部中央教条参观Lilith，并告诉真嗣那是亚当，而漫画中美里根本不知道中央教条关着东西，她是跟踪加持才到那里的，那个Lilith是亚当是加持告诉她的。真嗣则是跟在美里身后顺带着知道了秘密……
6、第十一使徒恐怖天使（动画中袭击NERV电脑MAGI的超微型使徒）、第十二使徒夜天使（动画中把真嗣关在里面的那个）在漫画中都被删掉了，杯具啊……
7、与第十三使徒霞天使（动画中侵蚀三号机的那个）的时候，东治作为第四适格者在漫画版中挂掉了，动画版中则幸存了下来
后面的记不太清楚了，似乎直到漫画版最新连载的地方都没有太大差别……
呼～～花了将近一个小时写了这么些，多少给点分吧～～
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考