防治西瓜病毒病，从种子处理开始。首先，选择无病毒植株留种，对有疑虑的种子，可用70℃温水浸种10分钟杀死病毒，或者用0.1%-1.0%的高锰酸钾或10%磷酸三钠溶液进行消毒处理。
种植地点的选择也至关重要，应确保西瓜地与其它瓜类作物保持一定距离，减少病毒传播的风险。在育苗阶段，建议3月上旬采用阳畦营养钵提前育苗，以避开病毒病的高发期。
在田间操作时，务必注意防止接触传播，作业时先处理健康植株，再处理病株。苗期发现病株应及时拔除，替换健康植株，保持植株健康。
加强田间管理同样重要，施用有机肥和科学配方的肥料，合理灌溉，通过化学调控促进植物生长，提高其抗病能力。在化学防治方面，可使用10%吡虫啉或3%定虫脒等药剂进行喷雾，如浩瀚农业的2%氨基寡糖素、高科的32%核苷溴吗啉胍等，初期发病时使用，每隔7天喷一次，连续喷2-3次。对于效果更佳的防治，可以与细胞分裂素混合喷施。
特别推荐使用中草药植物源生物制剂，如《TY病毒2号》和《蔬菜病毒专用》产品，前者与2%氨基寡糖素混合全株喷雾，后者与纯牛奶混合连喷两天后间隔5天。同时，喷雾时配合灌根，效果更佳，但使用时务必遵循产品说明书中的注意事项。
所有上述措施都强调了自然疗法与化学防治相结合，以保护西瓜免受病毒病的侵害。
西瓜病毒病，俗称小叶病、花叶病，全国各地区均有发生，北方瓜区以花叶型病毒病为主，南方瓜区蕨叶型病毒病发生较普遍，尤以秋西瓜受害最重。危害程度的轻重与种子带菌率和蚜虫发生数量密切相关。西瓜受害后，叶片变小，生长缓慢，植株矮化，花器发育不良，严重的不能座果，或座果后发育不良，畸形，果小，产量低，品质差，失去商品价值。