摩尼殿的建筑设计展现出了独特的风格。它的平立面大殿呈南北中轴线的狭长方形，总长度约为35米，深度则为28米，采用了十字形平面布局。值得注意的是，面阔和进深方向的次间设计较梢间稍窄，这种奇特的布局赋予了大殿独特的视觉效果。
大殿的屋顶采用了重檐歇山顶设计，原貌在后代的修复中得以保留。四个正中方向，均有山花向前的歇山式抱厦，形似龟头屋，增添了建筑的层次感。外部的檐柱周围以封闭的砖墙环绕，内部柱网由两圈内柱构建，显示出精细的结构。檐柱采用了粗大的木材，带有侧脚和生起，增添了建筑的力度和质感。
阑额上配置了普拍枋，并在阑额端部做出了卷云头式的装饰，显示了精致的工艺。补间铺作运用了45°斜栱，增添了空间的动态感。然而，由于四面抱厦的门窗相对较少，仅通过栱眼壁透入一些光线，导致殿内的采光和通风略显不足。
尽管如此，檐下的斗拱设计宏大且分布疏朗，展现了复杂的配置，使得整个建筑的立体结构层次丰富，雄伟而富有变化。尽管轴线较长，但由于巧妙地利用了建筑体积和院落空间的对比，使得整体布局并不显得单调，反而富有动感。
摩尼殿坐落于河北省正定县隆兴寺内。此寺始建于隋，到宋初（北宋皇祐四年，1052年）改建时才用现名。明、清两代虽进行过修葺，但主要结构仍与宋《营造法式》相近，其总平面至今仍保存了宋代风格。摩尼殿独特的建筑为海内孤例。