查办套取国家专项资金案件，应当坚持全面理解国家专项资金政策，统一正确适用法律;坚持准确划分责任，体现区别对待，贯彻宽严相济；坚持严格把握、慎重处理，重点惩治国家机关工作人员的严重失职渎职犯罪和重大诈骗犯罪。
套取国家专项资金的使用人在申报过程中向国家机关工作人员行贿，伪造国家机关公文证件印章，情节严重的,应当对使用人分别以行贿罪、伪造国家机关公文证件印章罪定罪处罚。
法律依据：《关于规范办理套取国家专项资金案件的指导意见》第一条：查办套取国家专项资金案件，应当坚持全面理解国家专项资金政策，统一正确适用法律；坚持准确划分责任，体现区别对待，贯彻宽严相济；坚持严格把握、慎重处理，重点惩治国家机关工作人员的严重失职渎职犯罪和重大诈骗犯罪。
《关于规范办理套取国家专项资金案件的指导意见》第二条：套取国家专项资金的使用人不符合国家专项资金政策的基本条件，在申报过程中以非法占有为目的，严重弄虚作假，虚构并不存在的企业或项目，伪造关键性申报材料，符合诈骗罪构成要件的，应当对使用人以诈骗罪定罪处罚。