虽然引用文献是对其他研究成果的肯定和尊重，也是研究工作中避免知识盲点和避免抄袭的重要措施，但是在论文查重系统检测论文时，引用文献部分会被检测为重复内容，并被算作重复率。因此，在使用论文查重系统检测论文时，需要注意控制引用比例，避免因引用过多而导致论文重复率过高。同时，正确的引用格式也是非常重要的，可以避免因引用格式错误而导致论文被标红或被判定为抄袭。
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引用文献算重复率。一般来说，论文检测系统会设置一个阈值，例如知网，单篇文献引用低于3%的一般检测不出来，若高于3%，则会算入重复率。并且作者在引用文献时要正确书写格式，格式错误的情况下也会被算作重复率。查重相当于匹配的过程，以句号为单位，若一句话与其他文献内容重复，则很容易被判定为重复。在引用文献时要区分可引用的部分和不可引用的.部分，对于不可引用的部分，尽量将内容的原意用自己的方式表达出来，这样可以有效降低重复率。在论文当中参考文献标注不规范、过度引用、引用错误等行为，都会导致总重复率升高。在知网查重检测系统中，文字总复制率=抄袭率+引用率。引用文献会被算作重复率。在论文查重系统中，只要引用部分出现在待检测论文中，查重系统就会对引用部分进行查重，并计算文献部分的引用率，并自动标注在论文查重报告单中。
因此，在撰写论文时，应该注意引用的规范性和准确性，以避免引用被错误地标记为抄袭。同时，还需要注意控制引用比例，避免引用过多影响论文的原创性和学术价值。
除了引用文献被算作重复率之外，还有其他一些情况也可能导致论文重复率较高。例如，直接复制粘贴他人的文章内容，或者大量使用类似的表述、关键词、段落等。因此，在撰写论文时，应该尽量避免直接复制粘贴他人的文章内容，同时也要注意使用自己的语言和表述方式来表达自己的观点和思想。此外，还可以通过增加论文的原创性和独特性来降低论文的重复率。例如，可以引用一些独特的观点、数据、案例等，或者在论文中加入自己的分析和见解。
除了引用文献外，还有一些其他情况也不会计算在论文的重复率之内：
1. 共享和公共资源：如果论文中包含公共可访问的信息、共享的数据集、通用理论或结论，这些部分不会被视为重复内容。
2. 常识性知识或普遍认可的事实：一些普遍公认的知识或事实，在论文中提及时不被视为重复内容，因为这些信息被广泛接受。
3. 特定领域常见的术语或定义：特定领域内常见的术语、定义或传统概念，引用时通常不会被视为重复内容，因为这些信息是该领域的常识。
需要注意的是，不同的查重工具和机构可能会有不同的判断标准。某些工具可能将引用文献或其他被排除内容计入相似度比对中，所以最好参考并遵守所使用查重工具的使用准则和规定。
在撰写论文时，我们应该确保遵守学术诚信原则，并正确引用他人的作品。这样能够避免抄袭行为，并对已有研究的贡献给予适当的引用和承认。