海门市原是江苏省南通市下属的县级市，2020年撤销县级海门市，设立南通市海门区，隶属江苏省南通市。
1949年10月，海门县属苏北南通行政区。
1950年，海门县属苏北南通区。
1953年1月，海门县属江苏省南通区。4月，海门县属江苏省南通专区。
1971年4月，海门县属江苏省南通地区。
1983年1月，江苏省南通地区撤销，实行市管县体制，海门县隶属南通市。
1994年4月，撤销海门县，设立县级海门市，由南通市代管。
2020年，撤销县级海门市，设立南通市海门区。
海门区，位于江苏省东南部，长江北岸，东北濒临黄海，南靠长江，东南部接上海市崇明区，东与启东市接壤，西、北与南通市通州区、崇川区毗邻，与上海隔江相望。
海门区境内地势平坦，沟壑纵横，地表平均海拔4.96米（以废黄河为基准）。地势呈西北略高、东南偏低，西部最高处海拔5.2米，东部最低处海拔2.5米，南北横截面呈孤形，两头低、中间高。
海门区属北亚热带季风气候区，四季分明，雨水充沛，光照较足，无霜期长。海门区年平均气温15.5℃，年平均降水量1085.4毫米。年平均蒸发量1303.5毫米，太阳辐射年均总量为4941.76兆焦/平方米。年均日照2099.2小时，季节分布为冬少夏多。平均风速2.9米/秒，年无霜期平均223天。