山东菏泽音乐学院的专业设置丰富多样，涵盖了多个领域。在声乐方面，学院提供声乐美声唱法、民族唱法和通俗唱法，为不同类型的歌手提供专业训练。
在器乐方面，学院设有西洋乐器类，包括钢琴、电子琴、手风琴等键盘乐器，以及电吉他、电贝司、爵士鼓等流行乐器。此外，还有长号、小号、小提琴、大提琴等管弦乐器，以及二胡、琵琶等民族乐器，满足对传统和现代乐器爱好者的需求。
表演艺术专业包括影视表演、戏曲演唱和相声小品，为表演艺术爱好者提供了全方位的发展平台。音乐教育方面，学院设有针对中小学音乐教师的声乐、器乐、音乐理论和作曲课程，致力于培养优秀的音乐教育工作者。
现代音乐领域，学院注重与时代接轨，设有现代舞蹈、流行歌曲和电声乐器（如爵士鼓、电吉他等）课程，以及音乐制作，为喜欢现代音乐创作和表演的学生提供专业支持。
在舞蹈方面，学校提供中国古典舞、民族民间舞、现代舞、街舞、爵士舞和拉丁舞等，以及舞蹈编导和芭蕾舞，为舞蹈爱好者提供了全面的学习路径。
美术方面，学院设有平面广告设计、装饰装潢设计等专业，满足艺术设计和视觉艺术爱好者的需求。书法等传统艺术课程也在其中。
传媒专业则包括影视广告、播音主持、影视表演等，以及网络传媒、摄影摄像和人物形象设计等新兴领域，为传媒行业的发展人才储备力量。
山东菏泽音乐学院现有山东总院和北京分院两处校区，学院总占地面积503亩，建筑面积80000平方米，有琴房、专业教室、录音室、电子音乐制作室和钢琴160多架及电子琴、教学琴、中西乐器1200余件，教学设备总价值1200余万元，还建有综合教学楼、学生公寓楼、多功能餐厅、行政办公楼等。