法律分析：宅基地加盖二层不合法，需要报建审批后才能建房。在建造之前，必须去当地的有关部门进行申请，同时也要征得周围邻居的同意，在这种情况下才可以加盖二层，由于政府是知晓的并且也批准了，所以后期不会被强拆。如果在没有申请的情况下直接加盖二层，就属于违章建筑，政府发现以后会要求房主自行拆除，如果房主不配合政府就会强制拆除。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第六十二条 农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
农村村民住宅用地，经乡(镇)人民政府审核，由县级人民政府批准中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。