清代皇帝，后宫自皇后为首的诸妃嫔及未成年皇子都住在紫禁城。清入关后，接受明代北京皇宫，清初皇帝即住在乾清宫，这是按照明朝的旧例，明代有十四个皇帝均住在乾清宫。乾清宫是后三宫（乾清宫、交泰殿、坤宁宫）的首殿，在乾清门内，建于永乐十八年（1420），顺治帝、康熙帝均在此居住并处理日常政务，《日下旧闻考》有“乾清门之内为乾清宫，皇帝召对臣工，引见庶寮皆御焉。宫广九楹，深五楹，正中设宝座，左右列图史璇衡彝器。”
乾清宫外景
值得一提的是乾清宫也是清代大行皇帝停灵之处，另外雍正朝后开始秘密建储，密旨也是藏于乾清宫的正大光明匾额下。雍正初亦居于此宫，后移居养心殿，此后清代列为皇帝均在养心殿起居，该殿西暖阁“三希堂”则为处理庶务之所，一直到清亡。慈禧太后垂帘听政也在此殿。
明代皇后多居于坤宁宫，此宫也是后三宫之一，同建于永乐十八年，后多经大火，顺治时重建，明清两代均有皇后居于此（清代皇后多居东六宫，后详）。与明代不同的是，清代的坤宁宫按满洲旧俗正门开在偏东位置（或与游牧族东向拜日信仰有关），并将该殿扩大。其西暖阁被改为祭神场所，冬暖阁即为皇帝大婚的洞房，康熙、同治、光绪均在此大婚。
养心殿
清代妃嫔则按等级分别居住在其他的宫殿中。比如西六宫，即故宫后三宫西侧的永寿宫、翊坤宫、储秀宫、太极殿、长春宫、咸福宫，著名的慈禧太后在为兰贵人时即在此生下同治帝。另外西六宫中咸福宫一般是品位较高的皇贵妃的寝宫，乾隆帝晚年也曾居于此处。与此相对，后三宫东侧为东六宫，即景仁宫、承乾宫、钟粹宫、延禧宫、永和宫、景阳宫。康熙皇帝就生于景仁宫。承乾宫原来是东宫贵妃的寝宫，但清代很多皇后不住在坤宁宫，而居于承乾宫。钟粹宫也曾住过皇后。另外康熙出生的景阳宫后来在顺治朝被改为藏书之地，后殿被辟为“御书房”。
东六宫示意
至于皇子们的居所，皇子出生后多随生母居于东、西六宫，直到五、六岁时，离开生母寝宫，居于乾清宫东西侧的东、西五所。成年受封后，再由内务府在宫外分配居所。