元朝
1281年设甘肃行省，哈密力成为该省的一部分。
明朝
元朝灭亡前夕，占据新疆全境的察合台汗国也分崩离析，暂守哈密的威武王兀纳失里亦自立为哈密国王。兀纳失里病逝后，其弟安克帖木儿继位。
永乐二年（1404年），诏封安克帖木儿为忠顺王。两年后设哈密卫，设指挥、千户、百户等官。畏兀儿马哈麻火者任指挥。又派汉族人周安为忠顺王长史、刘行善为纪善，共同辅政。
明成化三年（1467年），由于哈密忠顺王王位久虚，各族头目再次极力推荐，明廷方才提升把塔木儿（畏兀儿人）为右都督，代行国王事，5年后，把塔木儿卒，其子罕慎请嗣父职，朝议只准嗣都督位，但不准主国事。哈密仍无王统摄，政令无所出。
明成化八年（1472年），吐鲁番阿力汗率兵攻人哈密城，俘虏王母，抢去金印，委其妹夫牙兰占据哈密。哈密都督罕慎被迫率余众逃至甘肃苦峪（今安西县东南、玉门之西），并筑城以居，开渠引水，屯垦种地，作长期打算。
哈密都督罕慎在苦峪经过10年生聚，实力大增。乘阿力汗新死、阿黑麻继位立足未稳，联合赤金、罕东二卫，拥兵万人，于成化十四年（1478年）进军哈密。牙兰不敌败逃，罕慎顺利收复八城。罕慎因功进封左都督，赏白金百两及其他物件，特旨褒奖。弘治元年（1488年）明孝宗即位，晋封罕慎为忠顺王。可是，罕慎封王却为吐鲁番阿黑麻所不容，就在当年十一月，他率兵至哈密，威胁利诱，最后杀死了忠顺王罕慎，仍令牙兰据守。
为了打击阿黑麻的嚣张气焰，明廷采取薄其赏赐、或拘留使臣、却其贡物、敕责令悔罪等措施。3年后，阿黑麻才不得不将哈密8城、忠顺王金印及500多被虏居民送还。明廷派安定王族人陕巴（系忠顺王脱脱重孙）继忠顺王。弘治六年（1493年），阿黑麻再次攻占哈密，掠去陕巴。
当阿黑麻和明朝反复争夺哈密的时候，其兄马黑木在中亚的地盘却被南下的乌兹别克人夺去，阿黑麻令其长子满速儿为代理执政，自己率部援助其兄去了。以后阿黑麻病死于阿克苏，满速儿当政后，无情镇压反对他的几个弟弟，并继续东侵哈密。
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