第一、经营模式不同。
京东自营是京东公司自己经营的店面。从品牌厂家进货到京东仓库，然后在京东平台销售给消费者。而京东官方旗舰店是各大品牌商家借助京东平台销售自家产品，犹如商场里的小店面。
第二、发货方和收获时常不一样。
京东自营一般使用自己的京东物流，发货快，送货速度也快；而京东官方旗舰店则是由品牌发货，要先从品牌仓库调货，发货和运输、配送时间较长。
自营电商的特征
1、品牌力强：自营电商不同于其他开放类电商平台，不易受到开放类电商平台产品来源不一、产品质量良莠不齐等问题的困扰。自营电商通常量身制定符合自我品牌诉求和消费者需要的采购标准，来引入、管理和销售各类品牌的商品，以众多可靠品牌为支撑点突显出自身品牌的可靠性。
2、产品质量可控：自营电商为保证网上交易过程中消费者对交易关键环节的满意程度，会制定系统的商品准入标准和品牌引进原则，提高产品进驻门槛，以此来规范互联网环境下电子商务卖方市场的诚信经营和产品质量问题。
3、全交易流程管理体系完备：自营电商在最近几年的发展可谓突飞猛进，在商品的引入、分类、展示、交易、物流配送、售后保障等整个交易流程各个重点环节管理均发力布局，正在形成系统的理论支持和通过强大的互联网IT系统管理，建设大型仓储物流体系实现对全交易流程实时管理。
以上内容参考：百度百科——自营电商
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