法律分析：回国时在海关被查出是假护照会按照《中华人民共和国出境入境管理法》第七一条规定处理：有下列行为之一的，处一千元以上五千元以下罚款；情节严重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处二千元以上一万元以下罚款：（一）持用伪造、变造、骗取的出境入境证件出境入境的；（二）冒用他人出境入境证件出境入境的；（三）逃避出境入境边防检查的；（四）以其他方式非法出境入境的。
法律依据：《中华人民共和国出境入境管理法》 第七一条 有下列行为之一的，处一千元以上五千元以下罚款；情节严重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处二千元以上一万元以下罚款：（一）持用伪造、变造、骗取的出境入境证件出境入境的；（二）冒用他人出境入境证件出境入境的；（三）逃避出境入境边防检查的；（四）以其他方式非法出境入境的。