建始县财政局的内部组织结构包含一系列专门负责不同领域的股（室），以确保其职能的有效执行。这些股室分工明确，具体如下：
1. 办公室：作为全局的行政核心，负责日常管理和协调工作。
2. 综合股：负责整合和处理全局综合性事务，包括信息汇总和决策支持。
3. 法规税政股：专注于财政法规的研究与税政政策的制定和执行。
4. 预算股：负责预算的编制、执行和监督，确保财政资源的有效分配。
5. 国库股：管理财政收入和支出，保证财政资金的准确无误。
6. 行政政法股：关注行政管理和司法保障方面的财政政策。
7. 教科文股：负责教育、科技和文化领域的财政支持与管理。
8. 经济建设股：与地方经济发展紧密相连，推动经济建设项目财政支持。
9. 农业股：关注农业领域的财政投入和农业政策的财政支持。
10. 社会保障股：保障社会福利和社保基金的合理分配与管理。
11. 企业股（商贸股）：支持企业与商贸活动的财政政策和资金支持。
12. 金融股（国际股）：负责金融领域的财政事务，包括国际合作和金融市场的监管。
13. 国有资产监督管理股（财产评估管理股）：管理国有资产，确保资产保值增值，以及财产评估的公正合理。
14. 人事股（监察室）：负责人力资源管理和内部监察工作，确保内部规章制度的执行。