土壤消毒的目的是杀死土壤中的病原微生物、害虫和杂草种子。主要有物理和化学两类方法。物理法消毒对环境没有污染，需要一定的设备，适于小面积使用。化学法消毒对环境有一定影响，但适于大面积使用。目前主要使用的土壤和基质消毒方法有以下几种。
（1）日光消毒法。
将配制好的培养土放在清洁的水泥地或木板上薄薄地摊开，在烈日下暴晒2～3天。如在夏季暴晒可以杀死大量病菌孢子、菌丝和害虫虫卵以及线虫等。此法消毒虽不严格，但简便易行。
（2）加热消毒法。
加热的方法较多，有蒸煮、高压加热和蒸气加热等。只要加热至80～100℃，持续30～60分钟，就可以达到消毒的目的。过高的温度和过长的加热时间，会杀灭能够分解肥料的有益微生物，因而妨碍花卉的正常生长发育；也会使土壤有机物分解，释放有害物质。在适宜的消毒温度和时间内，能促进土壤团粒结构形成，促进难溶性盐溶解，改善土壤理化性状。
（3）药剂消毒。
可用各种农药和杀虫剂，如甲醛、氯化苦、代森氨、辛硫磷等。目前主要使用氯化苦熏蒸，是高效的剧毒熏蒸剂，可以杀菌、杀虫、灭鼠和防治线虫。对人、畜有剧毒，使用时要用防护面具。此外，还可以用50倍的40%甲醛熏蒸，用喷壶把甲醛溶液喷在土壤中，立即覆盖塑料薄膜，2～3天后打开，通风1～2周，在这期间最好进行翻晾，然后再使用。
值得注意的是，不要过度消毒，因为无法保证环境和花卉材料无菌，土壤的无菌状态会导致某些病菌的过量繁殖，同时土壤中的有益微生物仍需要保留。