元朝的领土面积达到了1372多万平方千米，蒙古帝国的领土面积更是达到了2800多万平方千米。元朝的领土面积堪称我国古代王朝之最。明朝鼎盛时期的领土面积大约为997万平方千米，也算是一个庞大的帝国。
明朝虽然推翻了元朝在中原的统治，但是并没有将元朝彻底消灭。徐达率领军队进入大都之前，元顺帝已经带着老小逃回了蒙古高原。整个明朝时期，蒙古绝大多数情况下都是明朝最大的敌人。明朝始终没有将蒙古彻底消灭，也没有将元朝的疆土全部吞下。
明朝军队的战斗力非常强悍，明朝也是名将辈出，为什么明朝没有将元朝的疆土全部吞下呢？
其实原因非常简单，一是吞不下，二是不想吞。
明朝版图面积之所以比元朝小，主要小在蒙古高原一带。其他地方，基本上都被明朝占领。只不过有的地方，明朝的控制力并不强，只是大致粗略统治。退居蒙古高原的北元则是明朝难以彻底征服的敌人。
女真崛起之前，明朝最大的问题始终是蒙古。明太祖和明成祖时期曾经多次派军队远征蒙古。明太祖时期，对蒙古征战主要集中于消除元朝在中原的残余势力。明朝击败了最主要的敌人王保保，将元朝残余势力赶回了蒙古高原。蓝玉曾经于1388年，率领15万大军出征蒙古。蓝玉在捕鱼儿海一带，找到了蒙古主力，并将其击败，歼敌数万人，俘虏敌人七八万人。蓝玉也因此被封为凉国公。明太祖一朝，始终不能给蒙古致命一击，也难以将占领蒙古大片土地。
明成祖登基之后，明成祖更是五次亲征蒙古。为了解决元朝残余势力，明成祖从永乐八年开始亲自率军队北伐，最后也死于亲征蒙古军中。朱棣五次亲征蒙古，使得蒙古进一步衰落，明朝领土大大拓展。但是明成祖却始终没有将蒙古人彻底打趴下。蒙古依然是明朝的威胁。
明宣宗时期，为了进一步打击蒙古，消除蒙古对明朝边境的危险。明宣宗曾经率领军队亲征，并且再一次打败蒙古。明宣宗虽然打败了蒙古人，但是也没有将蒙古彻底消灭。蒙古对明朝的威胁基本上消除，但是明朝也没有占领多少蒙古土地。
明宣宗之后，明朝大规模开疆拓土的步伐基本上停止。这一时期，明朝的疆域不仅没有进一步扩大，反而有所缩减。比如，明朝退出了安南，放弃了对越南一带的控制。
到了明英宗时期，明朝对蒙古也由攻转守。明朝此前占领北元的土地也开始逐渐丧失，明朝和蒙古的边界基本上稳定在长城一线。此后明朝别说开疆拓土，本身的土地也开始丧失。到了明朝后期，明朝国土还剩下二京一十三省，也就是300多万平方千米。明朝更谈不上占领元朝全部土地。
明朝始终无法打败元朝的残余势力，不是明朝军队的战斗力不行。我国古代农耕民族很难将游牧民族政权一举消灭。汉朝用了一百多年才击败匈奴，却没有消灭匈奴。唐朝打败了东西突厥，但是统治东突厥的土地时间并不长。宋朝更是无法击败游牧民族。
汉朝、唐朝、明朝都是农耕民族建立的王朝。农耕文明与游牧文明有一条分界线。这条分界线便是长城——阴山一线，这一线也是400毫米等降水量的大致分界线。此线以北由于降水量较少，不适合发展农业，主要以畜牧业为主。
明朝也属于农耕文明。蒙古高原大部分土地并不适合发展农业，也不适合建立城池。不少土地占了也没有多大作用。之前唐朝对东突厥故地也只是粗略统治，没有过久这一地区建立了后突厥汗国。汉朝彻底击败北匈奴之后，并没有占领北匈奴的土地。北匈奴西迁之后，这一地区有其他游牧民族填充空白。
明朝情况和汉唐一样，他们需要打败北方的游牧民族，解除他们的威胁。但是他们对占领这些土地的兴趣又不大。元朝的许多土地面积非常广大，人口却非常少，而且也不适合发展农业。明朝占领这些地方又难以防守，而且经济、军事等意义又不大。明朝最看重的还是二京一十三省地区，对原元朝的某些土地并没有多大兴趣。
正是由于以上原因，明朝并没有完全占领元朝的领土。