面对酸雨和二氧化硫对我们的经济建设和人民生命安全所造成的危害，一场控制酸雨和二氧化硫污染的行动也拉开了帷幕。1990年12月，国务院环委会第19次会议通过了《关于控制酸雨发展的意见》，提出在酸雨监测、酸雨科研攻关、二氧化硫控制工程和征收二氧化硫排污费4个方面开展工作的意见。1995年8月，全国人大常委会又通过了新修订的《大气污染防治法》，专门规定并明确划分全国的酸雨控制区和二氧化硫控制区，这就是我们所说的两控区。两控区内污染控制和防治的目标是：到2001年，基本遏制住酸雨和二氧化硫污染不断恶化的趋势，两控区内二氧化硫的排放量控制在1995年的水平。到2010年，二氧化硫的排放量在2001年的基础上进一步减少，酸雨控制区内的降水pH值小于或等于4.5的重酸区明显减少。
实现这个目标那就得从源头抓起，调整能源结构，优化能源质量，提高能源利用率，减少燃煤产生的二氧化硫。例如，我国一次能源的75％来自燃煤，这个比例在今后相当长的一个时期内不会有大的改变。即便如此，也还是大有潜力可挖的，因为我国节能的潜力很大，现在我国能源利用率只有30％，而发达国家的能源利用率都在40％以上。如果我们达到发达国家现在的水平，就可以节省1/3的能源（主要指煤炭），同时又可减少1/4的二氧化硫排放量。科学技术的发展也给减少二氧化硫的排放提供了可能。例如，给大量燃煤的设备中安装脱硫装置，使二氧化硫无法通过烟囱排放到大气中去，这是更简捷的办法。北京市人民政府规定，从1997年冬季取暖期开始，全市一律使用低硫煤。
在目前阶段，结合我国的国情，国务院在1996年发布的“国函［1996］24号”文件中规定了一项新政策，那就是在两控区内征收二氧化硫排污费。人们非常风趣地把这项规定称为“排污按斤收费”。谁排放二氧化硫谁就要向国家缴费，每千克二氧化硫收费0.2元，这笔费用全部用来治理酸雨和二氧化硫污染，同时这项规定也可以促使排放单位提高治理污染的自觉性。