法律分析：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(二)第十六条规定：用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。由此可知，当规章制度与劳动合同发生冲突时，劳动者要求适用劳动合同时，应当优先适用劳动合同中的约定而不是规章制度的规定。也就是说，当规章制度规定与劳动合同约定不一致时，劳动者有选择适用规章制度或者劳动合同的权利，选择权在劳动者手中。用人单位制订的规章制度可视为劳动合同的附件，但不能变更劳动合同已有明文规定的内容以补充劳动合同没有规定或规定不具体的条款，以规定不违反国家法律法规为限。公司应当保持规章制度的规定与劳动合同的约定一致，如果规章制度与劳动合同对同一问题做出不同的规定，会导致管理上的混乱，带来不必要的损。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第三条 订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
第十条 建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
第三十六条 用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。