在奥特曼格斗进化3中，操作键位对于战斗至关重要。首先，□键用于普通攻击，连按可进行连续打击，配合方向键（如上、下、左、右）可执行不同的招式，如飞踢，击中对手可增加眩晕槽（位于HP下方的红色条）。
使用△键进行重攻击，同样可与方向键配合，威力比普通攻击更强，对对手造成更大的影响。
要释放必杀技，你需要按下〇键。角色会进入超重击状态，根据对手眩晕槽的多少来决定必杀技的准备时间。此时，按相应按键可以发动必杀技。
投技则由X键实现，近身时使用，可执行摔投等技巧。按下后按其他键可选择不同的投掷方式，如过肩摔、过顶摔和龙卷式等。
小技能通过R1和L1键执行，R1通常用于远程牵制，增加敌人眩晕值，而L1则召唤援护飞机攻击，但效果有限。R2和L2是角色变换功能，如迪加、戴拿、盖亚V2和勒修巴斯的特定变身，按键组合不同会有不同的效果。
方向键操控角色移动：上（↑）用于跳跃，可连续按两次或轻点回避攻击；下（↓）用于蹲下，同样可以连续按两次或轻点回避；左（←）和右（→）控制后退或防御，连按两次可执行后手翻和跑步（跑步中按X可以进行“骑”操作）。
最后，START键用于暂停或退出游戏。在模拟器中，按键对应有所不同，比如上在2P模式下为"W"键，下为"S"键，以此类推。
奥特曼格斗进化3，简称UFE3。是奥特曼格斗进化系列的第三部作品。与前两部相比，本作无论是在画面，特效，还是必杀技的制作，游戏音效等都有着明显的进步。36位角色，20个任务，10大模式等等令系列FANS无比感动。在游戏的同时，可以感受一下各代奥特曼中的经典剧情，听着熟悉无比的音乐，看着热血的必杀技，实在是令人惬意的一件事情。