莫扎特逝后，其死因之谜一直备受争议：
缺少维生素D
美国航空航天局的前大气物理学家威廉·格兰特认为：1762到1783年间，莫扎特的感染症状多出现在10月中旬和5月中旬。这是因为在纬度较高的奥地利萨尔茨堡，人体由于缺乏光照而无法合成维生素D，这一情况可能持续达半年之久，以致莫扎特无法抵御疾病的侵袭。
旋毛虫病
旋毛虫病是食用生的或没有煮熟的含有旋毛虫包囊的猪肉而引起的，旋毛虫病的症状是四肢肿胀、发烧，并且全身发痒。在莫扎特生活的年代里，严重的旋毛虫病可以致命。而莫扎特生前也抱怨说身上很痒。美国西雅图华盛顿大学医学专家简·赫希曼是根据1791年10月7日莫扎特写给妻子康斯坦丝的一封信推断莫扎特的死因：莫扎特在信中写道：“你猜我闻到了什么味道？猪排味！多么好闻的味道啊，我要去吃，并祝你身体健康！”写完这封信45天后，莫扎特就离开人世。旋毛虫病的潜伏期一般是50天，这与莫扎特的死亡时间相吻合。
头部受伤
1880年，由萨尔茨堡居民建立的莫扎特国际基金会是一个私人非赢利组织，用来保护莫扎特的遗物。长期以来，“莫扎特头骨”一直是众多专家的关注焦点。1991年，法国人类学家普奇根据头骨左侧太阳穴一处骨折得出结论：莫扎特可能是偶然摔倒受伤的，最终死于头部受伤的并发症。这个结论也与莫扎特死前一年头疼得非常厉害的传言有关。
死于情杀
在三联书店推出的《莫扎特的爱与死》中，地质学家许靖华在音乐中找寻真相，认为莫扎特是为情自杀：
一个逝世多年的人，只能从流传下来的文字记载事件发展过程来推论。许靖华经过研究，发觉莫扎特爱上了自己的学生玛达伦娜，并且是有夫之妇。他与玛达伦娜冒死相爱，虽然不为社会所容，但他不愿忏悔。许靖华假设莫扎特与玛达伦娜的情事被她的丈夫霍夫德迈尔发觉，霍夫德迈尔与玛达伦娜达成一个协议：如果莫扎特喝下毒药，玛达伦娜就可以免于一死。于是莫扎特喝下毒药身亡。
死于谋杀
《音乐周报》曾经写道：“因为他的尸体肿大，所以人们认为他是被毒死的。”后来，莫扎特的第一位传记作家弗朗茨·克萨韦尔·尼梅切克写下了据说是莫扎特于1791年秋天在维也纳普拉特公园对妻子康斯坦泽说的话：“我活不长了，当然，有人给我下了毒！”但并没有任何证据表明莫扎特真的讲过这句话。
