先天性肌性斜颈需要与以下疾病进行鉴别，包括锁骨骨折，先天性颈椎畸形，环枢椎旋转颈性半脱位，以及眼源性，耳源性炎症性以及习惯性斜颈相鉴别。
锁骨骨折可以询问患儿有无难产史，可以通过拍胸片观察是否有骨折的错位，观察锁骨是否完整进行诊断，先天性颈椎畸形也可以通过x片或者ct来进行判断。
眼源性畸形可以让患儿到眼科进行就诊，以排除先天性斜视等问题导致的头部倾斜，耳源性并发症可能有前庭功能异常所导致。患儿头部保持一定姿势，可以到耳鼻喉科进行相应的诊断和治疗，炎症性可以通过局部的检查来判断是否有炎性疾病导致的问题。
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