1990年，台湾当局设立了一个名为海峡交流基金会（海基会）的机构，于11月21日正式成立。海基会的成立标志着台湾当局开始授权其与大陆进行联系、协商，并处理与台湾相关的两岸事务，被视为推动两岸政策的重要工具。它与“总统府国家统一委员会”以及“行政院大陆委员会”一起，构成了处理对大陆事务的官方体系。
在海基会成立前一周，即11月6日，国务院台湾事务办公室的发言人在回应台湾即将成立的海基会时明确表示，只要台湾的团体和个人真诚地致力于推动两岸关系的进展，促进“三通”和双向交流，大陆愿意与其进行接触和讨论。
为了与海基会进行有效的协商，1991年12月16日，大陆方面成立了海峡两岸关系协会（海协）。海协是一个民间性质的社团，其宗旨是推动两岸民间交流，增进两岸关系，以及促进祖国的和平统一。在1992年3月至1993年4月期间，海协与海基会进行了多次实质性的事务性商谈，其中包括筹备召开“巴夯会谈”，这标志着两岸在官方渠道之外的交流逐渐升温。
1993年4月27日至29日，在海协会的倡议和积极推动下，经过海峡两岸的共同努力，备受注目的第一次“汪辜会谈”在新加坡正式举行。其本身所具有的意义及对两岸关系的影响已引起台湾岛内的高度重视和国际社会的普遍关注。“汪辜会谈”是在两岸两会于1992年达成的“九二共识”的基础上举行的。在海峡两岸都坚持一个中国原则的基础上，“汪辜会谈”就加强两岸经济合作和科技、文化、青年、新闻等领域的交流进行了协商，签署了四项协议，受到了海峡两岸和国际社会的普遍好评。