1、层级不同
Motif是位于二级和三级结构之间的层次，Motif的层次接近二级结构。
Domain是位于二级和三级结构之间的层次，Domain的层次接近三级结构。
2、独立性不同：
domain是独立稳定的。
motif不是独立稳定的。
3、蛋白质结构不同：
Motif在生物学中是基于数据的数学统计模型，是特定的group的序列预测。对蛋白质来说，motifs可以被定义为蛋白质（蛋白质序列）属于一个给定的蛋白质家族。
domains是一种结构实体，通常代表蛋白质结构中独立折叠和行驶功能的一部分。因此蛋白质经常是这些结构域的不同的组合构建起来的。
4、组合形式不同：
motif通常是螺旋-环-螺旋，贝塔折叠的组合、阿而法螺旋组合等。
domain通常是球状压缩区或纤维状压缩区。
最主要的区别是：
1、结构层级不同
Motif和Domain是位于二级结构和三级结构之间的两个层次，Motif的层次接近二级结构，而Domain的层次接近三级结构；domain是独立的稳定的，motif不是独立稳定的。两者也是完全不同的两个概念，但有时还有联系。
2、蛋白质结构中组合构建不同
Motif是蛋白中较小的保守序列片断，Domain通常为Motif的组合。
Motif：在生物学中是一个基于数据的数学统计模型，典型的是一段sequence也可以是一个结构，是特定的group的序列预测。对蛋白质来说，sequence motifs可以被定义为蛋白质（蛋白质序列）属于一个给定的蛋白质家族。
一个简单的motif可以是一个模式pattern，而这个模式被这个group中的所有成员共享。例如一个DNA sequence可以定义为转录因子结合位点，也就是序列倾向于被这种factor结合。
Protein domains：是一种结构实体，通常代表蛋白质结构中独立折叠和行驶功能的一部分。因此，蛋白质经常是这些结构域的不同的组合构建起来的。Domain是蛋白质结构（折叠）、功能和进化的单位。
例如WTRXEKXXY（这里，X代表任何氨基酸）。当然也有更复杂的motif模型。Motif有时和特定的功能联系一起。
扩展资料：
1、Motif：又称模体或基序，分为序列模体（sequence motif）与结构模体（structural motif），结构模体指蛋白质中相邻的二级结构单位组合在一起，形成有规则的在空间上能辨认的二级结构组合体。
结构模体在结构层次上高于二级结构，相当于超二级结构。
（1）至少2层二级结构，以疏水R侧链通过疏水相互作用稳定（内侧），亲水R侧链在外表面；
（2）β-链倾向于右手扭曲（见β-折叠，如β-桶）；
（3）β链不能与相邻α-螺旋形成稳定氢键连接
（4）常见αα、βαβ、βββ、β曲折等。
2、Domain：又称基元、结构域，指多肽链在二级结构或motif的基础上形成三级结构的局部折叠区，它是相对独立的紧密球状实体，一般由40-400氨基酸组成，是三级结构的构件。常见有全α、全β、α/β、α+β等类型。
结构的独立性
（1）结构域是球状蛋白的折叠单位（可独立折叠），空间上相对独立；
（2）较小的蛋白质的三级结构=结构域（单结构域）；
（3）结构域之间形成铰链区（柔性），可相对移动。
参考资料：百度百科-Motif
本回答被网友采纳结构域（domain）是指在较大的蛋白质分子中形成的某些在空间上可以辨别的结构，往往是球状压缩区或纤维状压缩区。它们也既是结构单位，又是功能单位。例如免疫球蛋白的功能区就是结构域。
这两个是生物化学里的不同的概念
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