论文中参考文献的序号和最后相对应的序号自动修改的方法：
1、全选待插入的参考文献，然后点击鼠标右键选择“编号”，找到“定义新编号格式”。
2、弹出定义新编号格式后，在定义新编号格式中设置参考文献编号格式后点击确定。
3、在正文中插入文献，选择上方的“插入”，在下方找到“交叉引用”，同时选择需要引用的文章，点击插入，这样编号就在文中了。
4、当文献的顺序发生变动时，word并不会自动更新引用编号，需手动操作，如果只更新单个编号，则选中该编号并点击右键选择“更新域”，编号就自动更新了。
5、直接点击键盘的“ctrl+a”全选文章，再按F9，这样就可以对文章中所有编号的引用进行更新。
写论文，参考文献的修改很麻烦，删除一个，添加一个，就需要改一长串数字。怎么办呢。本人推荐一种简单方法：尾注法（这个是相对简单的方法）
方法如下（以Word2003为例）：
1．光标移到要插入参考文献的地方，菜单中“插入”——“引用”-“脚注和尾注”。
2．对话框中选择“尾注”，编号方式选“自动编号”，所在位置建议选“节的结尾”。
3．如“自动编号”后不是阿拉伯数字，选右下角的“选项”，在编号格式中选中阿拉伯数字。
4．确定后在该处就插入了一个上标“1”，而光标自动跳到文章最后，前面就是一个上标“1”，这就是输入第一个参考文献的地方。
5．将文章最后的上标“1”的格式改成正常（记住是改格式，而不是将它删掉重新输入，否则参考文献以后就是移动的位置，这个序号也不会变），再在它后面输入所插入的参考文献（格式按杂志要求来慢慢输，好像没有什么办法简化）。
6．对着参考文献前面的“1”双击，光标就回到了文章内容中插入参考文献的地方，可以继续写文章了。
7．在标号的外面输入方括号，调整格式为上标,复制包括方括号在内的标号，如：[1]。在下一个需要要插入参考文献的地方粘帖刚才复制的[1]，自动就会出现一个“[2]”（Word已经自动为你排序了），但后面的参考文献信息是与第一条相同的，删除重新输入第二条参考文献的内容就行，记住不能将编号删除。在两个尾注将插入也会自动修改。
8．所有文献都引用完后，你会发现在第一篇参考文献前面一条短横线（页面视图里才能看到），如果参考文献跨页了，在跨页的地方还有一条长横线，这些线无法选中，也无法删除。这是尾注的标志，但一般科技论文格式中都不能有这样的线，所以一定要把它们删除。
9．切换到普通视图，菜单中“视图”——“脚注”，这时最下方出现了尾注的编辑栏。
10．在尾注右边的下拉菜单中选择“尾注分隔符”，这时那条短横线出现了，选中它，删除。
11．再在下拉菜单中选择“尾注延续分隔符”，这是那条长横线出现了，选中它，删除。
12．切换回到页面视图，参考文献插入已经完成了。这时，无论文章如何改动，参考文献都会自动地排好序了。如果删除了，后面的参考文献也会自动消失，绝不出错。
13．参考文献越多，这种方法的优势就体现的越大。
还没完，文章后参考文献的标号上的方括号如何加呢？很简单：
在全文中，查找尾注标记^e，然后全部替换为[^&]即可；如果用了脚注就查找脚注标记^f,再全部替换为[^&]便可以了（注意查找时让“不限定格式”按钮为灰色）
别看步骤多，操作一遍，就知道很简单了。
这种方法在有很多人审阅的情况下问题很大。原因就是第一次插入点在审阅中删除的情况下。尾注内容标号还存在。如果又有在别的地方的交叉引用。那么接受所有修改之后这些交叉引用都会变成错误点。
另外就是，如果你有成百上千的reference的时候。检查duplicate比较麻烦。
但此方法对一般的学生来说 用起来是很不错的
另外就是利用一些reference manager的软件，这些软件的使用需要学习 网上一般都有教使用方法的 有时间可以研究研究 每个人习惯不一样，可能有不同的看法 主要看自己的习惯了 就是刚开始学习的过程有点……追问
谢谢你，可是如果我把原来论文中的序号修改时后面的对应的参考文献就突然消失了，比如说在论文中标注的参考文献[3]修改成[7]，论文后面对应的参考文献[3]就消失了，并没有变成[7]，怎么修改才能只是修改序号呀？
本回答被提问者采纳论文中参考文献的序号修改时，最后相对应的序号可以使用尾注法自动修改。
方法如下（以Word2003为例）：
1、把光标移动到插入参考文献的位置，菜单中点击“插入”-“引用”-“脚注和尾注”。
2、在对话框中选择“尾注”，编号方式选择“自动编号”，所在位置建议选择“节的结尾”。
3、如果“自动编号”后面不是阿拉伯数字，就选右下角的“选项”，在编号格式中选中阿拉伯数字。
4、确定后就在该处就插入一个上标“1”，光标自动跳到文章最后，前面就是一个标“1”，这就是输入第一个参考文献的地方。
5、把文章最后的上标“1”的格式改成正常，再在它后面输入所插入的参考文献。
6．对着参考文献前面的“1”双击，光标就可以回到文章内容中插入参考文献的地方，然后就可以继续写文章。
7、在标号的外面输入方括号，调整格式为上标,复制包括方括号在内的标号，如：[1]。在下一个需要插入参考文献的地方粘帖刚才复制的[1]，就会出现一个“[2]”，但后面的参考文献信息与第一条是相同的，删除重新输入第二条参考文献的内容就行，记住不能将编号删除。
8、所有文献都引用完后，会发现在第一篇参考文献前面有一条短横线（页面视图里能看到），如果参考文献跨页了，在跨页的地方还会有一条长横线，这些线不能选中，也无法删除。这是尾注的标志。
9、切换到普通视图，菜单中“视图”-“脚注”，这时最下方可以看见尾注的编辑栏。
10、在尾注右边的下拉菜单中选择“尾注分隔符”，这时那条短横线可以呢出现，选中-删除。
11、再在下拉菜单中选择“尾注延续分隔符”，这是那条长横线出现了，选中-删除。
12、切换回到页面视图，参考文献插入已经完成。这时，无论文章如何改动，参考文献都会自动地排好序了。